WSL Ubuntu运行PASTA提示找不到python命令的问题咨询

报错核心是PASTA内部调用的子脚本（包括hmmeralign关联的执行脚本）的解释器声明行固定写为#!/usr/bin/env python，运行时会自动从系统路径中查找名为python的可执行程序。你当前WSL下的Ubuntu环境仅提供python3命令，没有配置python命令的指向，因此主程序即使手动用python3启动，内部拉起子进程时依然会因为找不到python解释器崩溃。

按优先级推荐以下三种解决方式，选一种即可：

• 方案1（最规范，推荐）：通过Ubuntu官方源的适配包自动配置别名
  直接执行安装命令，系统会自动创建符合规则的软链接，不会出现路径配置错误：

  sudo apt update && sudo apt install -y python-is-python3
  

  安装完成后执行python --version，如果正常返回Python3.x的版本信息，就可以直接重新运行你的PASTA命令。
• 方案2：手动创建软链接
  如果不想安装额外的包，可以手动配置软链接：
  1. 先查询当前python3的执行路径：

     which python3
     

     默认WSL Ubuntu环境下返回结果为/usr/bin/python3
  2. 执行命令创建软链接：

     sudo ln -s /usr/bin/python3 /usr/local/bin/python
     

  验证python --version返回正常即可使用。
• 方案3（临时生效，仅用于单次测试）：当前终端会话配置别名
  直接在当前运行PASTA的终端执行别名设置命令，不需要root权限：

  alias python=python3
  

  注意：该配置仅对当前打开的终端窗口生效，关闭终端后配置自动失效，不适合长期使用。

不需要额外安装Python2版本，PASTA的内置脚本完全兼容Python3环境，将python指向Python3不会出现兼容性问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者logan007