MacOS下Django2.1+Python3.7调用BioPython时SSL证书验证失败

嘿，这个问题我太熟悉了——Mac上的Python 3.7经常会碰到SSL证书验证的坑，尤其是用BioPython调用NCBI的Entrez接口的时候。你已经装了certifi但没用，大概率是Python没正确关联到certifi的证书，或者系统层面的证书配置没跟上。给你几个靠谱的解决办法，按顺序试：

1. 运行Python自带的证书安装脚本（最推荐的官方解法） #

Mac上从python.org下载的Python 3.7默认没有预装系统根证书，官方专门提供了一个脚本一键修复：
打开终端，执行这条命令：

/Applications/Python\ 3.7/Install\ Certificates.command

这个脚本会自动把certifi维护的根证书安装到Python的信任库中，90%的情况跑完这个就解决问题了。

2. 在代码里手动指定certifi的证书 #

如果上面的方法没生效，可以直接在你的视图函数里配置SSL上下文，强制Entrez使用certifi的证书：
修改你的代码，添加证书配置部分：

from Bio import Entrez
import certifi
import ssl

def results(request):
    disease = request.GET.get('disease_name')
    year_beginning = request.GET.get('year_beginning')
    year_ending = request.GET.get('year_ending')
    
    # 配置SSL上下文使用certifi的证书
    ctx = ssl.create_default_context(cafile=certifi.where())
    Entrez._default_context = ctx
    
    Entrez.email = "test@gmail.com"
    handle = Entrez.esearch(
        db="pubmed",
        sort="relevance",
        term=disease,
        mindate=year_beginning,
        maxdate=year_ending,
        retmode="xml",
    )
    results = Entrez.read(handle, validate="False")
    handle.close()
    print(results)
    context = {
        'results': results,
    }
    return render(request, 'lm_test/results.html', context)

这样就能让Entrez调用NCBI接口时，用certifi提供的可信根证书完成验证。

3. 临时绕过证书验证（仅测试用，生产环境绝对别用） #

如果你只是想快速确认是不是证书的问题，可以临时关闭证书验证，但这会带来安全风险，只能用来排查问题：

import ssl
from Bio import Entrez

# 临时禁用SSL证书验证（仅测试！）
ssl._create_default_https_context = ssl._create_unverified_context

def results(request):
    # 你的原有代码...

额外检查项 #

• 先确保certifi是最新版本：在终端运行 pip install --upgrade certifi 更新一下。
• 如果你的网络用了代理，代理的证书可能会干扰验证，需要把代理的证书加入系统或Python的信任库。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ChrisB