Windows10 Debian环境pip安装pysam报egg_info错误无法安装

• 待安装工具：rmats2sashimiplot，项目地址，工具运行需提前安装多个Python依赖项
• 故障现象：通过pip安装依赖pysam时，触发python setup.py egg_info类报错，报错截图如下：
  
• 已尝试操作：卸载并重装Python环境内的setuptools，故障未修复
• 环境特殊说明：
  • 当前运行环境为Windows 10自带的Debian bash shell（WSL1环境）
  • 必须输入python.exe或pip.exe才能调用对应Python程序，即使已将所有Python相关目录添加至PATH环境变量也无法直接用python/pip调用
  • 执行sudo pip.exe命令时，系统提示无法识别该命令

优先方案（兼容性最好，从根源规避报错） #

rmats2sashimiplot本身为Linux环境开发的生物信息学工具，pysam在Windows环境下源码编译极易出现各类编译报错，你当前遇到的命令识别问题本质是WSL环境与Windows原生环境的程序隔离导致：在WSL中加.exe后缀调用的是Windows系统里安装的原生Python，不属于WSL内的Linux程序，自然无法被sudo识别提权。
直接在WSL的Debian环境内安装独立的Linux版Python及依赖即可解决所有问题，操作步骤如下：

1. 打开Debian bash终端，执行以下命令安装WSL内的Python、pip及pysam编译所需的系统依赖，全程不需要加.exe后缀：

   sudo apt update
   sudo apt install -y python3 python3-pip python3-dev build-essential zlib1g-dev libbz2-dev liblzma-dev
   

2. 升级WSL内pip、setuptools到最新版本：

   pip3 install --upgrade pip setuptools wheel
   

3. 直接安装pysam和rmats2sashimiplot：

   pip3 install pysam rmats2sashimiplot
   

4. 安装完成后执行rmats2sashimiplot --help，能正常弹出帮助文档即说明安装成功，后续使用全程在WSL环境内调用python3/pip3即可，不需要混用Windows原生Python。

备选方案（仅适用于必须使用Windows原生Python的场景） #

如果坚持要用Windows里安装的Python运行工具，不要在WSL的bash内操作：

1. 直接打开Windows系统的cmd或PowerShell终端（不进入Debian bash环境）
2. 先升级pip、setuptools、wheel到最新版：

   pip.exe install --upgrade pip setuptools wheel
   

3. 不要走源码编译路径安装pysam，下载对应Python版本、系统架构的pysam预编译whl包后本地安装，即可绕过python setup.py egg_info编译报错。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Yvette Moreno