R中使用heatmap.2绘制相关热图报错图形状态异常、pin参数无效

报错核心原因 #

两个报错都是绘图布局计算失败触发的，根源在代码里的三个问题，之前变量少的时候容错机制没触发报错，新增变量后行列数变化直接触发布局计算崩溃：

• 标签向量构造错误：写代码时手动换行把Sports Involvement、Epilepsy Status两个字符串从中间拆断，既导致命名索引和数据框实际列名匹配失败，也让labvec最终长度和热图输入矩阵的行数量不匹配，标签映射错位。
• 图形参数传参错误：par(cex.main=0.8)是全局参数设置语句，不能作为无名参数直接塞进heatmap.2()的参数列表，函数会把该语句的返回值识别为无效绘图参数，参与布局计算时引发冲突。
• 绘图边距/设备尺寸不足：新增变量后长标签需要更大的边距空间，原有margins = c(15,15)配合默认尺寸的绘图设备，会计算出无效的pin（绘图区域尺寸）参数，直接抛出参数错误。

修复代码 #

library(gplots)
library(RColorBrewer)

# 全局参数提前在函数外设置
par(cex.main=0.8)

# 构造标签向量时不要在字符串中间换行，保证标签数量和矩阵行数完全对应
labvec <- c(
  "ACE Score",
  "Bully-Victim",
  "Family Resilience",
  "TBI",
  "Child's Sex",
  "Child's Age",
  "Child's Race",
  "Caregiver Education",
  "Sports Involvement",
  "Epilepsy Status",
  "Percent FPL"
)

# 若RStudio默认绘图面板尺寸过小，主动开足够大的绘图设备避免边距计算错误
# Windows系统解除下一行注释
# windows(width = 10, height = 10)
# Mac系统解除下一行注释
# quartz(width = 10, height = 10)

heatmap.2(
  acenation[,-1],
  cellnote = acenation[,-1],
  notecol = "black",
  key.xlab = "r value",
  trace = "none",
  dendrogram = "column",
  density.info = "none",
  cexCol = 1.3,
  cexRow = 1.3,
  Rowv = NA,
  margins = c(16, 16), # 适当增大边距适配长标签
  labRow = labvec,
  main = "Correlation Matrix Between ACE Score, TBI and Covariates",
  scale = "none",
  col = brewer.pal(8, "Greens")
)

补充说明 #

如果运行时仍报pin参数错误，直接手动把RStudio的Plots面板拉到足够大，再重新运行代码即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Shaiza Bushra