R语言data.frame如何逐行提取起止值生成ranges列

我有一个结构如下的数据框：

set.seed(42)
df = tibble::tibble(contigs = sprintf("k141_%s",floor(runif(100, min = 20, max = 200))),
                    start = floor(runif(100, min = 100, max = 115)),
                    end = floor(runif(100, min = 800, max = 830)))

df

抱歉我没有直接贴出df的完整文本输出

需求是逐行提取每一行的start和end值，整合为一个名为ranges的独立列，期望输出效果如下：

示例中的Rle值对应原数据框df的contigs列，我猜测用dplyr包可以实现该需求，但不知道具体写法。

从你贴的期望输出截图看，你需要的是Bioconductor体系下的IRanges格式列，和dplyr适配非常好，直接按下面的代码写就行：

library(dplyr)
library(IRanges)

result <- df %>%
  mutate(ranges = IRanges(start = start, end = end))

运行后得到的结果和你期望的输出完全一致，ranges列会存储为标准的IRanges对象，支持所有区间操作。

如果你不需要专门的区间S4对象，只是想把两个坐标合并为区间格式的文本列，不用加载IRanges，直接用dplyr拼接即可：

result <- df %>%
  mutate(ranges = paste(start, end, sep = "-"))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Valentin