如何解决devtools::check()不识别BinaryFiles的可执行文件警告

devtools::check() 并非直接调用原生R CMD check，而是基于rcmdcheck包实现检查流程，二者的执行逻辑差异是BinaryFiles配置失效的核心原因：

• devtools::check()默认会先把源码打包为.tar.gz格式的分发包，再在临时目录解压后执行检查。如果BinaryFiles被误加入.Rbuildignore规则，打包阶段这个配置文件根本不会被纳入分发包，检查时自然读不到豁免列表。
• 2.4.0版本之前的rcmdcheck存在逻辑缺陷：检查可执行文件时会优先判断文件的系统权限位，只要文件带可执行标记就直接抛警告，完全跳过BinaryFiles的规则匹配；而原生R CMD check会先匹配BinaryFiles豁免列表，再校验文件类型，这也是手动跑R CMD check能正常识别配置的原因。

你之前尝试的路径加./前缀、文件末尾留空行都不是问题诱因，这两种写法都符合规范。

按可靠性从高到低推荐：

1. 直接移除数据文件的可执行权限（一劳永逸）
   警告触发的本质是这些NMR数据文件在Linux系统下被标记了可执行权限位，直接在包根目录执行命令移除权限即可从根源解决问题，完全不需要依赖BinaryFiles配置，兼容所有版本的检查工具：

   chmod -x inst/extdata/Sample*/10/fid
   

   如果用git管理代码，提交时注意把权限变更一并提交，避免版本工具还原可执行位。
2. 排查.Rbuildignore配置
   打开包根目录下的.Rbuildignore文件，检查是否存在匹配BinaryFiles的规则，如果有类似^BinaryFiles$的条目直接删除，确保打包时配置文件能被正常纳入分发包。
3. 升级检查工具链
   把devtools、rcmdcheck、pkgbuild全部升级到CRAN最新版本，新版本已经修复了旧版跳过BinaryFiles匹配的逻辑bug，升级后配置行为和原生R CMD check完全一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ricoderks