R语言绘图调用legend函数报'legend' is of length 0错误如何解决

报错根因 #

触发'legend' is of length 0错误的直接原因是：代码中传入legend()函数的图例标签参数levels(relatedness$RT)返回了长度为0的空向量，常见诱因有三个：

• 读入的pihat.gen文件不存在RT列，可能是分隔符配置错误导致读入列错位、列名拼写不匹配（比如列名带多余空格、大小写不一致）
• R版本差异导致read.table()默认参数变化：R 4.0之后read.table()默认stringsAsFactors=FALSE，读入的文本列是字符型而非因子型，levels()函数作用在字符型向量上会返回NULL
• RT列全为缺失值/空值，无有效分类水平

排查流程 #

• 先运行str(relatedness)查看读入数据的结构，确认三点：是否存在RT列、RT列的存储类型、RT列是否包含PO/UN两个分类取值
• 运行head(relatedness)查看前6行数据，确认Z0、Z1、RT三列的数据读入没有错位，如果列错位就调整read.table()的sep参数匹配文件实际分隔符
• 单独运行levels(relatedness$RT)确认返回值，如果返回NULL就说明RT列不是因子类型，不要依赖levels()自动取标签

修正后代码 #

pdf("rel.pdf")
relatedness = read.table("pihat.gen", header=T)
par(pch=16, cex=1)
with(relatedness,plot(Z0,Z1, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), type="n"))
with(subset(relatedness,RT=="PO") , points(Z0,Z1,col=4))
with(subset(relatedness,RT=="UN") , points(Z0,Z1,col=3))
# 直接显式指定图例标签，彻底避免levels取值为空的问题
legend(1,1, xjust=1, yjust=1, legend=c("PO","UN"), pch=16, col=c(4,3))
dev.off()

注意：原代码缺少dev.off()语句，绘图完成后必须执行该语句关闭pdf绘图设备，否则生成的pdf文件会处于锁定状态，无法正常打开。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mahan