Snakemake expand结合zip使用时通配符解析异常问题

你遇到的通配符错配问题和expand()的zip参数无关，zip已经正确生成了一一配对的目标路径，核心错误是将两个通配符直接相邻拼接、中间没有任何固定分隔符。
Snakemake解析通配符时基于正则匹配，当两个通配符之间没有固定字符串作为边界时，程序无法自动判定两个通配符的分割位置，只要拆分结果能拼出完整目标路径就会被判定为合法匹配，因此会出现你看到的截断错配：比如对路径rnaquast/TMW3250_15German_ale/short_report.txt，程序可以将{sample}匹配为TMW3250_15German_al、{reference}匹配为e，完全符合无分隔符的路径模式，但和你预期的取值完全不符。

在{sample}和{reference}两个通配符之间添加一个不会出现在两组取值中的固定分隔符（如下划线、短横线），给Snakemake明确的匹配边界即可，修改点涉及三处逻辑：

1. rule all中expand()的路径模板
2. rule rnaQUAST中output的路径模板
3. 对应shell命令中输出目录的拼接逻辑也要同步修改

修正后的核心代码如下：

samples_rnaQUAST = ["TMW3250_15","TMW3250_20","TMW3256_15","TMW3256_20","TMW3261_15","TMW3261_20",
                    "TMW3673_15","TMW3673_20","TMW3285_15","TMW3285_20","TMW3275_15","TMW3275_20",
                    "TMW3681_15","TMW3681_20","TMW3287_15","TMW3287_20"]
references_rnaQUAST = ["German_ale","German_ale","German_ale","German_ale",
                       "English_ale","English_ale","American_ale","American_ale",
                       "Frohberg","Frohberg","Frohberg","Frohberg","Saaz",
                       "Saaz","Saaz","Saaz"]

rule all:
    input:
        # 两个通配符间添加下划线作为固定分隔符
        expand("rnaquast/{sample}_{reference}/short_report.txt", zip, sample=samples_rnaQUAST, reference=references_rnaQUAST)

rule rnaQUAST:
    input:
        transcriptome="trinity/{sample}/default_by_condition_trinity/Trinity.fasta",
        reference="genomes/{reference}_genome.fasta",
        gtf="genomes/AUGUSTUS_annotations/{reference}.gtf"
    output:
        # 输出路径和rule all模板保持一致，添加相同分隔符
        report="rnaquast/{sample}_{reference}/short_report.txt"
    threads: 16
    shell:"""
    /home/user/miniconda3/envs/rnaquast/share/rnaquast-1.5.1-0/rnaQUAST.py \
    --transcripts {input.transcriptome} \
    --reference {input.reference} \
    --gtf {input.gtf} \
    -t {threads} \
    -o rnaquast/{wildcards.sample}_{wildcards.reference}
    """

如果你坚持不在路径中添加分隔符，也可以通过wildcard_constraints给两个通配符添加严格的正则匹配约束，限定每个通配符只能取你预设列表里的值，但这种方式维护成本更高，远不如添加固定分隔符简单可靠。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Snail Shaman