Fedora36源码编译R遇linuxbrew gcc GLIBCXX_3.4.30报错解决方法

问题复现操作 #

升级Fedora至36版本后，参照RStudio官方的R源码安装指引，从源码编译R 4.2.0版本，执行命令如下：

wget https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.2.0.tar.gz
tar -xzvf R-4.2.0.tar.gz
mkdir R42
cd R-4.2.0
./configure --prefix=/home/andrespara/R42 --enable-memory-profiling  --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack
make

报错核心原因 #

执行make编译过程中报错退出，核心错误信息：

/home/linuxbrew/.linuxbrew/Cellar/gcc/11.3.0_1/lib/gcc/11/libstdc++.so.6 缺少系统库 /lib64/libicuuc.so.69 依赖的 GLIBCXX_3.4.30 版本符号

执行brew linkage gcc排查确认：linuxbrew安装的gcc会优先链接自身携带的libstdc++.so.6库，而非系统版本的对应库，链接输出同时包含系统基础库路径，以及linuxbrew安装的gmp、isl、mpfr等依赖库路径。

已尝试无效的操作 #

• 执行brew reinstall srt
• 执行brew doctor
• 重装linuxbrew版本gcc
• 执行brew update、brew upgrade

以上操作均无法解决问题。当前已知强制卸载linuxbrew版gcc（执行brew uninstall --ignore-dependencies gcc）后重新编译可成功安装R，但需要在保留linuxbrew版gcc的前提下解决报错。

可行解决方案 #

报错本质是linuxbrew会将自身库路径前置到系统动态链接搜索路径最前面，导致编译时加载的brew版libstdc++版本低于Fedora 36系统自带的libicu依赖的版本，无需卸载linuxbrew版gcc，通过以下任意一种方式调整链接优先级即可：

• 临时调整环境变量（推荐）
  编译R前，先执行命令将系统库路径放到动态链接搜索路径的最高优先级：

  export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
  

  再重新执行configure和make流程即可。如果要避免后续运行R时出现链接问题，可以在configure阶段追加参数固化rpath：

  ./configure --prefix=/home/andrespara/R42 --enable-memory-profiling --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack LDFLAGS="-L/usr/lib64 -Wl,-rpath=/usr/lib64"
  

• 临时隔离brew环境
  编译R前执行unset HOMEBREW_PREFIX，临时清除当前终端下linuxbrew的路径配置，让编译过程直接调用系统gcc、链接系统库，编译完成后关闭当前终端重新打开，即可恢复linuxbrew的正常使用。

操作前可做前置校验：执行strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX_3.4.30，如果命令返回匹配结果，说明系统自带libstdc++确实包含所需符号，上述方案均可生效。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Andrés Parada