如何在pheatmap中添加行/列轴标签（保留原有行名与列名）

pheatmap不属于ggplot原生绘图体系，无法直接套用ylab()/xlab()的ggplot语法，有三种常用实现方式：

方法1：使用pheatmap内置参数（最简便） #

pheatmap本身自带轴标签设置参数，直接传入即可快速生成标签：

library(pheatmap)
library(reshape2)

df = data.frame(r = c(1:3), foo = c("a","b", "c"), val = c(5,10,15), stringsAsFactors = F)
heatmat = reshape2::acast(df, foo~r, fill = 0, value.var = "val")

# 直接指定列标签xlab、行标签ylab
p <- pheatmap(heatmat,
              xlab = "r",
              ylab = "foo")

该方法无需额外依赖，缺点是默认标签位置、字体样式灵活度低，适合快速出图场景。

方法2：基于grid系统自定义标签（灵活度最高） #

pheatmap基于grid绘图系统构建，可在热图绘制完成后手动添加标签，自由调整位置、字体、旋转角度等属性：

library(pheatmap)
library(reshape2)
library(grid)

df = data.frame(r = c(1:3), foo = c("a","b", "c"), val = c(5,10,15), stringsAsFactors = F)
heatmat = reshape2::acast(df, foo~r, fill = 0, value.var = "val")

# 绘制基础热图，可通过padding参数预留边距避免标签被截断
p <- pheatmap(heatmat, padding = 0.08)

# 添加横轴（列方向）标签
grid.text(label = "r",
          x = 0.5, # 水平居中，取值范围0~1对应画布从左到右
          y = 0.03, # 距底部距离，取值越小越靠下
          gp = gpar(fontsize = 12, fontface = "bold"))

# 添加纵轴（行方向）标签
grid.text(label = "foo",
          x = 0.03, # 距左侧距离，取值越小越靠左
          y = 0.5, # 垂直居中
          rot = 90, # 标签旋转90度适配纵轴
          gp = gpar(fontsize = 12, fontface = "bold"))

方法3：转为ggplot对象后使用ggplot语法调整 #

如果习惯ggplot的操作逻辑，可借助ggplotify包将pheatmap对象转换为ggplot类，后续完全按照ggplot的语法调整标签、主题：

library(pheatmap)
library(reshape2)
library(ggplotify)

df = data.frame(r = c(1:3), foo = c("a","b", "c"), val = c(5,10,15), stringsAsFactors = F)
heatmat = reshape2::acast(df, foo~r, fill = 0, value.var = "val")

# 转为ggplot对象
p <- as.ggplot(pheatmap(heatmat))

# 按ggplot习惯设置标签、样式
p +
  xlab("r") +
  ylab("foo") +
  theme(axis.title = element_text(size = 12, face = "bold"))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Rahi