Snakemake中如何正确读取配置文件定义规则输入

Snakemake规则的input块识别命名输入时，需要接收展开的键值对结构。直接写入config["inputs"]传入的是完整字典对象，会被判定为单个无名称的位置参数输入，Snakemake不会自动解析字典内部的labs、demo键，因此触发输入文件缺失报错。

• 先在Snakefile文件最顶部加载你的JSON配置文件：

# 声明配置文件路径，放在Snakefile起始位置
configfile: "config.json"

• 修改规则的input块，用Python的双星号解包符**展开配置中的inputs字典，即可完整保留配置里的原有键名，不需要调整JSON配置的结构：

rule test:
   input:
     **config["inputs"]
   output:
     "outputs/output.txt"
   script:
     "programs/myprogram.py"

• 改完后输入项的命名和硬编码时完全一致，在myprogram.py里可以直接通过snakemake.input.labs、snakemake.input.demo读取对应路径
• 后续所有输入路径的增删修改只需要调整config.json文件，不需要改动规则代码
• 如果需要在规则里额外加其他输入项，只要保证自定义输入的键名和配置里的键名不冲突即可，写法示例：

rule test:
   input:
     other_input = "data/other.csv",
     **config["inputs"]
   output:
     "outputs/output.txt"
   script:
     "programs/myprogram.py"

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Kieran Martin