Python Matplotlib如何将2个figure对象保存至同一PDF页面

问题根源是你每次调用create_DNA_logo时没有指定绘图用的坐标轴，logomaker会自动为每个logo生成独立的figure对象；后续两次调用pdf.savefig()会分别把两个独立figure写入PDF的不同页面。

最简便的实现方式是提前创建一个包含两个子图的共用figure，创建两个logo时直接指定在对应的子图上绘制，最后只需要调用一次savefig保存这个共用figure，两个logo就会出现在同一PDF页面。

具体实现代码 #

你只需要修改循环内的逻辑，提前创建子图，创建logo时传入对应ax参数即可：

if (output_pdf_name is not None):
    pdf = matplotlib.backends.backend_pdf.PdfPages(output_pdf_name)
    explained_seq_fetures_letters_list1 = explained_seq_fetures_letters1 if multiple_samples else [explained_seq_fetures_letters1]
    explained_seq_fetures_letters_list2 = explained_seq_fetures_letters2 if multiple_samples else [explained_seq_fetures_letters2]

    for item1, item2 in zip(explained_seq_fetures_letters_list1, explained_seq_fetures_letters_list2):
        # 新建包含2个上下子图的figure，figsize可根据你的logo长度按需调整
        fig, (ax_top, ax_bottom) = plt.subplots(nrows=2, ncols=1, figsize=(12, 7), tight_layout=True)
        
        # 绘制第一个logo到上方子图
        df1 = pd.DataFrame(item1, columns=Logo_letters)
        logo1 = create_DNA_logo(PWM_df=df1, secondary_color=secondary_color, ax=ax_top)
        
        # 处理并绘制第二个logo到下方子图
        item2_processed = item2[item2 != 0].reshape(-1, 1)
        df2 = pd.DataFrame(item2_processed, columns=Logo_symbol)
        logo2 = create_DNA_logo(PWM_df=df2, secondary_color=True, ax=ax_bottom)
        
        # 仅保存一次共用figure，两个logo同属一页
        pdf.savefig(fig)
        plt.close(fig)
    pdf.close()

注意事项 #

• 如果你的create_DNA_logo自定义函数目前不接收ax参数，只需要在函数定义中新增ax入参，把该参数传给内部调用的logomaker.Logo初始化方法即可，logomaker原生支持自定义坐标轴传入，改动量极小。
• 如果需要两个logo左右排列，把plt.subplots的参数改成nrows=1, ncols=2，同时对应调整figsize的宽高比例即可。
• 加上tight_layout=True可以自动调整子图间距，避免两个logo的坐标轴标签、标题互相遮挡。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Yuval Froman