Makefile自动依赖生成仍编译已排除源文件的问题解决

两个核心问题叠加导致过滤规则完全失效：

• 通配符兼容性问题：GNU Make 4.3以下版本（目前绝大多数开发环境的默认版本，比如Ubuntu 20.04、Windows下常见的MinGW配套make都属于这个范围）默认不支持**递归通配符。你写的$(wildcard Core/**/*.c)、$(wildcard Drivers/STM32WBxx_HAL_Driver/**/*.c)实际不会递归遍历子目录找C文件，直接导致CORE_SOURCES、DRIVER_SOURCES变量的枚举结果完全不对——你想过滤的Core/Src/main.c从一开始就没被纳入C_SOURCES的匹配范围，filter-out自然没有任何作用。
• 旧构建残留干扰：你之前用CubeMX默认生成的Makefile编译过，build目录下残留了大量.d依赖文件。Makefile末尾的-include $(wildcard $(BUILD_DIR)/*.d)会把这些旧依赖全部加载进来，旧依赖里明确记录了Core/Src/main.c以及其他Core、Drivers目录下源文件的编译规则，哪怕你现在的C_SOURCES里没写这些文件，make也会按照旧依赖的规则去编译、链接它们。这也是为什么你改了C_SOURCES之后依然能编译成功——实际参与编译的源文件大部分是旧依赖拉进来的，根本不是你新定义的C_SOURCES列表里的内容。
• 额外隐患：你用notdir抹除了所有源文件的路径前缀生成.o文件，不同目录下的同名源文件（比如C版main.c和C++版main.cpp）会生成同名的build/main.o，很容易出现旧目标文件残留、规则匹配错乱的问题。

1. 首先彻底清理旧构建产物，避免残留依赖干扰
   直接执行命令彻底删除build目录，不要只依赖make clean（防止clean规则写漏的情况）：

   rm -rf build
   

2. 修正源文件枚举逻辑，替换不兼容的**通配
   把Makefile里源文件定义部分改成用find做递归枚举（全POSIX环境兼容，不依赖make高版本特性），同时正确过滤不需要的C版main.c：

   # Generated directories
   CORE_SOURCES := $(filter-out Core/Src/main.c,$(shell find Core -type f -name "*.c"))
   DRIVER_SOURCES := $(shell find Drivers/STM32WBxx_HAL_Driver -type f -name "*.c")
   C_SOURCES := $(CORE_SOURCES) $(DRIVER_SOURCES)
   
   # ASM sources
   ASM_SOURCES := startup_stm32wb55xx_cm4.s
   
   # C++ sources
   CXX_SOURCES := $(shell find App -type f -name "*.cpp")
   

   如果不想用find，也可以针对CubeMX的固定目录结构写明确层级的通配，效果一致：

   CORE_SOURCES := $(filter-out Core/Src/main.c,$(wildcard Core/Src/*.c))
   DRIVER_SOURCES := $(wildcard Drivers/STM32WBxx_HAL_Driver/Src/*.c Drivers/STM32WBxx_HAL_Driver/Src/Legacy/*.c)
   CXX_SOURCES := $(wildcard App/*.cpp App/*/*.cpp)
   

3. （可选但推荐）解决同名目标文件冲突问题
   如果后续可能在不同目录放同名源文件，建议把目标文件的生成规则改成保留源文件的路径层级，从根源避免同名冲突。把原来OBJECTS、vpath、编译规则、目录创建的部分替换为如下内容：
   注意：Makefile中规则下的命令行必须以Tab开头，粘贴时不要替换成空格，否则会报规则错误

   # list of C objects
   OBJECTS := $(addprefix $(BUILD_DIR)/,$(C_SOURCES:.c=.o))
   vpath %.c $(sort $(dir $(C_SOURCES)))
   # list of C++ objects
   OBJECTS += $(addprefix $(BUILD_DIR)/,$(CXX_SOURCES:.cpp=.o))
   vpath %.cpp $(sort $(dir $(CXX_SOURCES)))
   # list of ASM program objects
   OBJECTS += $(addprefix $(BUILD_DIR)/,$(ASM_SOURCES:.s=.o))
   vpath %.s $(sort $(dir $(ASM_SOURCES)))
   
   $(BUILD_DIR)/%.o: %.c Makefile | $(BUILD_DIR)
   	@mkdir -p $(dir $@)
   	$(CC) -c $(CFLAGS) -Wa,-a,-ad,-alms=$(BUILD_DIR)/$(<:.c=.lst) $< -o $@
   
   $(BUILD_DIR)/%.o: %.cpp Makefile | $(BUILD_DIR)
   	@mkdir -p $(dir $@)
   	$(CXX) -c $(CXXFLAGS) -Wa,-a,-ad,-alms=$(BUILD_DIR)/$(<:.cpp=.lst) $< -o $@
   
   $(BUILD_DIR)/%.o: %.s Makefile | $(BUILD_DIR)
   	@mkdir -p $(dir $@)
   	$(AS) -c $(CFLAGS) $< -o $@
   
   $(BUILD_DIR):
   	mkdir -p $@
   

改完之后先执行dry run，只打印要执行的命令不实际编译，确认输出中没有编译Core/Src/main.c的步骤，只有编译App目录下main.cpp的步骤：

make -n

确认命令输出符合预期后，再正常执行make构建即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者SRSR333