R语言meta分析森林图如何显示指数化总效应HR及置信区间
R meta包森林图输出HR尺度的设置方法
你使用meta包做meta分析时,不需要手动计算logHR的指数转换结果重新建模,直接通过函数参数即可让森林图输出HR尺度的效应值与置信区间,两种常用实现方式如下:
- 建模阶段指定效应量类型(推荐)
在metagen()函数中传入sm = "HR"参数,声明输入的效应量为对数风险比,后续所有分析结果、绘图输出默认都会使用HR(反变换后)的尺度:
# 先加载meta包 library(meta) logHR<-c(-0.2877,-0.2357,-0.2877,-0.3455) seHR<-c(0.0639,0.07834,0.09768,0.05673) df<-data.frame(logHR,seHR) # 拟合时指定效应量类型为HR meta <- metagen(TE = df$logHR, seTE = df$seHR, sm = "HR") # 直接调用forest即可输出HR尺度的森林图,自动将无效线设为HR=1 forest(meta)
- 绘图阶段临时指定转换规则
如果已经完成模型拟合不想重新跑,可以在forest()函数中通过transf参数指定转换函数为exp,同步设置无效线位置即可:
# 原代码拟合的未指定sm的模型 meta <- metagen(df$logHR, df$seHR) forest(meta, transf = exp, # 对效应量、95%CI做指数转换 ref = 1, # 无效线对应HR=1的位置 xlab = "风险比(HR)" )
上述两种方式输出的结果完全一致:图中单个研究的效应点、置信区间,以及合并效应量的数值、区间都会自动转换为HR尺度,横轴刻度也会适配HR的取值范围,无需手动计算转换后的标准误或置信区间。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Dimpap
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