R4.2.0通过BiocManager安装edgeR包报错的解决方案咨询

• 原安装代码存在语法错误：install.packages("BiocManager" 缺失闭合右括号，分号位置错误，会导致命令执行逻辑异常。
• 你使用的R 4.2版本未提供Apple Silicon（arm64/big-sur-arm64）架构的edgeR预编译二进制包，必须从源码编译安装，编译需要完整的C/C++/Fortran编译环境。
• 系统缺少适配arm64架构的gfortran编译器及对应链接路径配置，导致链接阶段找不到-lgfortran库，编译失败。

方案1：升级R版本（最省事，无需编译） #

直接将本地R升级到4.3及以上正式版本，新版本Bioconductor仓库已经提供适配arm64架构的预编译edgeR二进制包，安装时不需要源码编译，也不会触发Fortran编译报错。升级完成后重启R/RStudio，运行如下修正后的安装代码即可：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) {
  install.packages("BiocManager")
}
BiocManager::install("edgeR")

方案2：保留现有R 4.2版本，补全编译环境后源码安装 #

如果不想升级R，按以下步骤补全依赖后安装：

1. 安装基础编译工具，打开终端执行如下命令，按弹窗提示完成Xcode命令行工具安装：

   sudo xcode-select --install
   

2. 安装arm64版本的gfortran编译器，终端执行Homebrew命令安装gcc（包含gfortran组件）：

   brew install gcc
   

3. 配置R的编译链接路径，打开本地用户目录下的.R文件夹，新建或编辑Makevars文件，写入如下配置（对应Homebrew安装的gcc路径）：

   FLIBS=-L/opt/homebrew/opt/gcc/lib/gcc/current -lgfortran -lquadmath -lm
   

4. 完全关闭重启R/RStudio，运行如下修正后的安装代码，即可自动完成源码编译安装：

   if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) {
     install.packages("BiocManager")
   }
   # 关闭交互弹窗，自动确认源码编译安装
   options(install.packages.compile.from.source = "always")
   BiocManager::install("edgeR", ask = FALSE)
   

安装完成后运行library(edgeR)，无报错提示即为安装成功。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者fisheryu2022