Jupyter运行gzip解压fastq.gz报错name 'd' is not defined

Jupyter Notebook默认的代码单元会按Python语法解析输入内容，你直接输入Shell命令gzip -d /文件路径时，Python将gzip -d识别为「变量gzip 减去 变量d」的算术运算，但你没有定义过名为d的变量，因此触发NameError: name 'd' is not defined报错。

• 单条Shell命令快速执行：在命令开头添加!前缀，标记该命令需要调用系统Shell运行，不要按Python语法解析，修正后可正常运行的命令为：

!gzip -d /Users/mfp/RNAdata/transcriptome-mcgirr/SRR11476490/CAE4_S34_R1_001.fastq.gz

• 批量执行多条Shell命令：点击代码单元顶部的类型下拉框，将单元类型从默认的Code切换为Bash，切换后单元内所有内容会直接作为Shell脚本运行，无需逐行加!。

fastq.gz解压完成后，你需要先完成转录组比对才能得到bam文件：提前构建对应物种的参考基因组索引，选择HISAT2/STAR等转录组比对软件完成读段比对，再通过samtools对比对结果排序、压缩即可得到标准化的bam文件。后续用featureCounts/HTSeq完成基因水平定量后，才能将表达矩阵输入DESeq2开展差异分析。这类批量生信流程更建议在系统原生终端运行，稳定性和日志排查效率都比Jupyter Notebook更高。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者sometimespetisometimesfeña