如何向qsub传递参数展开？解决参数变量不识别报错问题

你碰到的Invalid null command报错和-V参数无关，是两个语法用法错误导致的：

• 双引号嵌套错误：外层用双引号包裹整个执行命令串时，内部定义变量直接用双引号会导致引号提前闭合，命令串被本地shell错误拆分，最终传给qsub的内容存在空指令段。
• -b y参数误用：-b y的作用是告知qsub后续传入的是二进制可执行文件路径，不会调用shell做解析，你传入的是拼接的shell命令串，用这个参数时变量展开逻辑根本不会触发。
  另外你原命令里多行参数没有加换行转义符\，也会导致命令被拆分为多条独立语句执行，触发异常。

优先推荐用here-document方式传作业脚本，不需要处理复杂的引号转义，可读性更强：

qsub -cwd -V -pe shared 4 -l h_data=8G,h_rt=00:10:00,highp -N bt2align3 << 'EOF'
projPath="$SCRATCH/CUTnTag/data_kayaokur2020"
sample="K4m3_rep1"
cores=8
bowtie2 --end-to-end --very-sensitive --no-mixed --no-discordant --phred33 -I 10 -X 700 \
-p ${cores} \
-x ${projPath}/bowtie2_index/GRCh38_noalt_analysis/GRCh38_noalt_as \
-1 ${projPath}/raw_fastq/${sample}_R1.fastq.gz \
-2 ${projPath}/raw_fastq/${sample}_R2.fastq.gz \
-S ${projPath}/alignment/sam/${sample}_bowtie2.sam &> ${projPath}/alignment/sam/bowtie2_summary/${sample}_bowtie2.txt
EOF

写法说明：

• 用<< 'EOF'标记包裹作业执行内容时，单引号可以保证所有变量不会在提交节点被提前展开，会完整传递到计算节点由作业shell解析
• -V参数会正常将你提交时本地的环境变量（比如$SCRATCH）同步到计算节点运行环境，不存在变量识别问题
• 多行命令末尾加\做换行转义，避免被识别为多条独立命令

如果你一定要用单行命令传参的写法，需要手动转义所有内部双引号、以及需要在计算节点展开的变量的$符号，同时去掉-b y参数：

qsub -cwd -V -pe shared 4 -l h_data=8G,h_rt=00:10:00,highp -N bt2align3 "projPath=\"\$SCRATCH/CUTnTag/data_kayaokur2020\"; sample=\"K4m3_rep1\"; cores=8; bowtie2 --end-to-end --very-sensitive --no-mixed --no-discordant --phred33 -I 10 -X 700 -p \${cores} -x \${projPath}/bowtie2_index/GRCh38_noalt_analysis/GRCh38_noalt_as -1 \${projPath}/raw_fastq/\${sample}_R1.fastq.gz -2 \${projPath}/raw_fastq/\${sample}_R2.fastq.gz -S \${projPath}/alignment/sam/\${sample}_bowtie2.sam &> \${projPath}/alignment/sam/bowtie2_summary/\${sample}_bowtie2.txt"

这种写法转义规则复杂，很容易漏写转义符导致报错，非必要不使用。

补充说明：qsub本身不负责解析变量展开，${variable}格式的变量是由运行作业的shell负责解析的，只要命令内容正确传递给计算节点的shell，就可以正常识别，不需要更换特殊语法。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者JohnnyJi