如何使用Snakemake导出Jupyter Notebook的HTML格式日志

截止你使用的Snakemake 7.8.2版本，没有开箱即用的原生配置支持自动导出Notebook对应的HTML版本。
你从日志里看到的底层调用逻辑完全正确：Snakemake封装Notebook执行逻辑时，硬编码给jupyter nbconvert传了--to notebook参数，只会输出执行完成的.ipynb文件，既没有暴露参数修改输出格式，也没有内置额外的多格式导出步骤。

稳定实现方案 #

最省事、不会因为版本升级失效的方案是加一个下游自定义规则，不用重复跑Notebook计算，直接基于Snakemake已经生成好的带输出的ipynb文件转HTML就行：

• 规则输入指定为对应Notebook规则输出的、执行完成的.ipynb文件
• 规则的执行逻辑直接调用jupyter nbconvert --to html做格式转换
  示例规则：

rule notebook_html_log:
    input:
        executed_notebook = "output_dir/example_notebook.ipynb"
    output:
        html_log = "log_dir/example_notebook.html"
    shell:
        "jupyter-nbconvert --log-level ERROR --to html --output {output.html_log} {input.executed_notebook}"

把这个规则加入工作流后，把生成的HTML日志路径加入工作流的目标输出列表，就能在每次跑完Notebook规则后自动生成对应的HTML版本日志。

不要尝试改Snakemake内部的Notebook执行模板或者挂载执行钩子来实现这个需求，这类写法强依赖特定Snakemake版本的内部实现，后续升级版本很容易直接失效，维护成本很高。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者enryh