R通过ODBC连接MySQL数据库报错无法访问数据

1. RMySQL连接报错修复 #

报错核心原因是包名大小写拼写错误：R语言对包名、函数名大小写完全敏感，你安装的包名为RMySQL（M大写），但调用时写成了RmySQL（y小写），因此系统找不到对应包。
修正后的连接代码：

install.packages("RMySQL")
library(DBI)
# 注意RMySQL的大小写拼写
con <- dbConnect(RMySQL::MySQL(),
                 dbname = "nicer_med",
                 host = "WRGTNICER1",
                 port = 3306,
                 user = "root",
                 password = "你的实际数据库密码")

注：RMySQL包目前已停止长期维护，如果后续碰到系统依赖兼容问题，可替换为官方推荐的RMariaDB包，调用语法完全一致，兼容性更好。

2. RODBC查询报错修复 #

你能正常执行sqlTables()、sqlColumns()说明ODBC连接本身是完全正常的，查询报错是SQL语法错误导致的：
你写的查询语句中，最后一个字段SEXE后面多写了一个多余的逗号，MySQL解析到逗号后没有找到后续字段，直接匹配到FROM关键字，就会抛出1064语法错误。
错误SQL片段：

-- 错误：SEXE后多余逗号
SELECT PID,NAME, FIRSTNAME1, SEXE, FROM a_patient;

修正后的R端查询代码：

library(RODBC)
mycon <- odbcConnect("nicer_64")
# 删除SEXE后的多余逗号，不需要套无意义的paste()
query_res <- sqlQuery(mycon, "SELECT PID, NAME, FIRSTNAME1, SEXE FROM a_patient")

额外排查提示 #

• 写SQL时如果不确定语法是否正确，可先把SQL字符串打印出来，复制到原生MySQL客户端执行验证，可快速区分是SQL本身问题还是R连接问题
• 如果查询结果出现中文乱码，可在ODBC连接时指定编码：odbcConnect("nicer_64", DBMSencoding = "UTF-8")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Robisch