R语言基于数据框指定阈值筛选数据绘制成对韦恩图

1 环境准备与数据筛选 #

首先提取两组符合阈值要求的ENSG标识，使用VennDiagram包完成绘图（如果未安装先执行安装命令）：

# 安装依赖包（首次运行执行即可）
# install.packages("VennDiagram")
library(VennDiagram)

# 按Cor>0.1的阈值分别筛选两组ENSG
set_cor1 <- df1$ENSG[df1$Cor1 > 0.1]
set_cor2 <- df1$ENSG[df1$Cor2 > 0.1]

可以先手动核对集合大小：

# 输出各组基因数、重叠基因数
cat("Cor1>0.1基因数：", length(set_cor1), "\n")
cat("Cor2>0.1基因数：", length(set_cor2), "\n")
cat("重叠基因数：", length(intersect(set_cor1, set_cor2)), "\n")

基于提供的示例数据，运行后输出结果为：Cor1>0.1基因共17个，Cor2>0.1基因共14个，两组重叠基因共13个。

2 绘制韦恩图 #

直接调用成对韦恩图绘制函数，可自定义颜色、字号等样式参数：

# 生成韦恩图对象
venn_plot <- draw.pairwise.venn(
  area1 = length(set_cor1),
  area2 = length(set_cor2),
  cross.area = length(intersect(set_cor1, set_cor2)),
  category = c("Cor1 > 0.1", "Cor2 > 0.1"),
  fill = c("#1f77b4", "#ff7f0e"),
  alpha = 0.5,
  cat.cex = 1.2,
  cex = 1.5,
  ind = FALSE
)

# 渲染绘图
grid::grid.draw(venn_plot)

# 如需保存为本地文件，取消下方注释运行即可
# png("cor_venn.png", width = 6, height = 6, units = "in", res = 300)
# grid::grid.draw(venn_plot)
# dev.off()

可选：ggplot2风格韦恩图 #

如果需要更易调整样式的ggplot2风格图形，可以使用ggVennDiagram包实现：

# 安装依赖包（首次运行执行即可）
# install.packages("ggVennDiagram")
library(ggVennDiagram)

# 整理输入列表
gene_set_list <- list(
  `Cor1 > 0.1` = set_cor1,
  `Cor2 > 0.1` = set_cor2
)

# 绘图
ggVennDiagram(
  gene_set_list,
  set_color = c("#1f77b4", "#ff7f0e"),
  label_alpha = 0
)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Maya_Cent