如何通过控制台将Rmd文件knit输出为HTML文件

默认knit生成HTML的过程运行在非交互式R会话里，直接在Rmd代码块中写readline()不会弹出输入提示，只会读入空值，无法正常完成交互。你要的效果不能靠直接在Rmd末尾堆代码实现，必须把交互步骤和渲染步骤拆分，两种可落地的方案如下：

不要把触发knit的逻辑写在待渲染的Rmd文件里，单独新建一个R脚本存放全流程逻辑，所有交互步骤在你本地的交互R会话（比如RStudio控制台）中运行，不会碰到非交互环境的问题：

• 第一步：弹出交互提示，接收用户手动输入的参数
• 第二步：调用渲染函数生成HTML，同时把拿到的用户参数传入Rmd文档
• 第三步：HTML渲染完成后，自动读取结果导出为xlsx/csv文件

对应独立R脚本的代码示例：

# 1. 交互输入，这步在本地交互会话运行，会正常等待输入
x <- readline(prompt = "请输入所需参数：")

# 2. 传入参数渲染Rmd为HTML
rmarkdown::render(
  input = "你的文档文件路径.Rmd",
  output_file = "最终输出的HTML.html",
  params = list(user_input = x)
)

# 3. 读取渲染过程中保存的结果，导出为xlsx
res <- readRDS("temp_result.rds")
openxlsx::write.xlsx(res, "导出的结果文件.xlsx")

对应的Rmd文件需要在开头YAML配置里加参数接收项，同时在最后一个代码块把要导出的结果存为临时中间文件：

1. YAML头配置示例：

---
title: "你的文档标题"
output: html_document
params:
  user_input: "" # 用于接收外部传入的交互输入值
---

2. Rmd最后一个代码块添加存临时文件的逻辑：

# 把后续需要导出的结果对象存为临时rds文件
saveRDS(需要导出的结果对象, file = "temp_result.rds")

后续Rmd里所有需要用到用户输入值的地方，直接调用params$user_input即可。

如果不想单独建脚本，可以在Rmd末尾加环境判断的代码块，注意这种方式不能直接点RStudio界面的「Knit」按钮，必须在RStudio控制台交互运行末尾的触发代码：

# 放在Rmd末尾的代码块，设置echo=FALSE不显示在最终HTML里
if (interactive()) {
  # 只有交互状态下才弹出输入提示
  x <- readline(prompt = "请输入所需参数：")
  
  # 加渲染标记防止递归重复渲染
  if (!exists("render_flag", envir = .GlobalEnv)) {
    assign("render_flag", TRUE, envir = .GlobalEnv)
    # 自动识别当前打开的Rmd路径，渲染为HTML
    rmarkdown::render(
      input = rstudioapi::getSourceEditorContext()$path,
      output_file = "最终输出的HTML.html",
      params = list(user_input = x)
    )
    # 渲染完成后导出xlsx
    openxlsx::write.xlsx(需要导出的结果对象, "导出的结果文件.xlsx")
    # 清理标记
    rm("render_flag", envir = .GlobalEnv)
  }
}

注意：绝对不要把readline()直接写在参与渲染的主流程代码里，非交互渲染时这行代码不会等待输入，会直接返回空值，导致后续所有依赖输入参数的逻辑出错。所有需要人工交互的步骤，必须放在本地交互R会话中执行，不能放进knit生成的独立渲染子会话里。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user18937485