如何确认MAKER是否成功以MPI(MPIch)并行模式运行？

你当前提交作业使用的Slurm脚本如下：

#!/bin/bash
#SBATCH -J MPI-test
#SBATCH -p xhacnormala
#SBATCH -N 4
#SBATCH -n 64
#SBATCH --mem 0
#SBATCH -o MPI.out
#SBATCH -e MPI.err

source /public1/home/casdao/kdylvfenghua/kdy_sy2021/maker_env
module load mpi/mpich/3.3.2/gcc-485

mpiexec -n 64 maker

可通过以下几种方式验证MPI模式是否正常生效：

• 二进制版本校验：在加载完maker_env和MPI模块的环境下，执行maker -version，查看输出信息中的MPI支持字段，若显示MPI support: yes，说明你安装的MAKER本身已编译开启MPI能力；若显示no，说明安装的仍是单进程版本，即便用mpiexec调用也无法启用MPI并行。
• 进程数量校验：作业启动后，通过squeue查看作业分配到的计算节点列表，分别登录对应节点执行ps -ef | grep maker | grep -v grep | wc -l统计进程数，所有节点的maker进程数总和与你设置的-n 64参数基本一致时，说明MPI进程已正常拉起；非MPI模式下全局只会存在1个maker主进程。
• 运行日志校验：查看作业标准输出文件MPI.out，MPI模式启动初期MAKER会打印明确的MPI初始化日志，包含识别到的总进程rank数、MPI通信域初始化完成这类提示；非MPI模式的日志中不会出现任何MPI相关字段。
• 运行效率校验：300Mb级别的基因组用64核MPI并行运行，整体注释周期会从单进程的数十天缩短到数天级别，你可以查看MAKER输出目录下的进度日志，对比单进程运行时单位时间内完成注释的序列数量，若速度有量级提升可辅助确认MPI生效。

注意：不要在srun/sbatch分配的作业环境外手动执行mpiexec拉起maker，否则会出现跨节点通信失败、进程无法正常调度的问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lanrena