R 4.2.0安装MSstats依赖nlme包源码编译失败报错
问题原因
macOS环境下从源码编译nlme包失败,核心是本地缺少gfortran编译器环境,链接阶段找不到-lgfortran依赖库,编译进程中断。
安装流程已经提示存在可用的预编译二进制版本nlme 3.1-157,仅比最新源码版3.1-158小一个迭代版本,完全满足MSstats的依赖要求,无需强行编译源码。
解决方法
优先方案:安装预编译二进制包(无额外依赖,操作最快)
- 第一步:单独安装二进制版本的nlme,绕开本地编译步骤,在R控制台执行:
install.packages("nlme", type = "binary")
- 第二步:确认nlme安装正常后,再安装MSstats:
BiocManager::install("MSstats")
如果安装过程再次弹出「是否从源码安装需要编译的包」的提示,输入no回车即可。
备选方案:需要最新源码版nlme的处理
如果必须使用3.1-158版本的nlme源码包,先在macOS中安装适配R 4.2.0版本、匹配自己电脑芯片架构(Intel/Apple Silicon)的gfortran编译组件,安装完成后重启电脑和R会话,再重新执行安装流程即可正常完成编译。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Nicolas Grinberg
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