R 3.3.3运行含WITH子句的sqldf查询报错的解决方案

这个报错和R本身的版本没有直接关联，核心原因是R 3.3.3环境下sqldf依赖的RSQLite版本过旧：

• 旧版RSQLite内嵌的SQLite引擎版本低于3.8.3，而WITH子句（CTE公共表表达式）是SQLite 3.8.3才正式支持的语法，因此旧引擎无法解析以WITH开头的查询语句
• 附带的Quoted identifiers should have class SQL是旧版DBI接口的兼容提示，不会直接导致语句执行失败

方案1：改写SQL规避WITH语法（兼容性最好，无需升级依赖） #

直接把CTE逻辑替换为嵌套子查询，所有版本的SQLite都能支持，改写后的代码运行结果和原语句完全一致：

sqldf("SELECT * FROM (SELECT cyl, avg(mpg) as avg_mpg FROM mtcars GROUP BY cyl)")

这种方案不需要改动现有环境的任何包版本，适合不能随意调整依赖的生产/稳定环境使用。

方案2：升级RSQLite到支持CTE的版本 #

如果不想改写原有SQL逻辑，可以在R 3.3.3环境中将RSQLite升级到内嵌SQLite版本≥3.8.3的适配版本，升级完成后重启R会话，原带WITH子句的查询就可以正常运行。
注意：如果是从源码安装包，需要提前配置好对应R 3.3.3版本的编译工具链（Windows环境安装Rtools3.3，macOS环境安装Xcode命令行工具即可）。

方案3：切换sqldf的数据库后端 #

sqldf默认使用SQLite作为执行引擎，也支持手动配置为PostgreSQL、MySQL等其他原生支持WITH语法的数据库后端，不过这种方案需要额外本地安装配置对应数据库服务，成本较高，非必要不推荐。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user3155618