RStudio中使用heatmaply绘制热图如何去除行侧边颜色条

问题场景 #

在 RStudio 中使用 heatmaply 包绘制热图时，输出结果每行侧边默认附带颜色条，调整常规参数无法移除。

• 使用的示例数据结构：
  
• 原始绘图代码：

eg <- read.delim(file="example_heatmap.txt", header=T, sep="\t")
heatmaply(
    file="heatmap_eg.png",
    height=2000, 
    eg, 
    colors=colorRampPalette(colors=c("lightblue", "darkblue")), 
    column_text_angle = 45, 
    plot_method = "plotly",
    key.title = "Ab", 
    labRow = eg[,1]
)

• 原始输出效果（带多余行侧色条）：
  
• 期望效果（无行侧色条）：
  

解决方法 #

heatmaply 默认会为聚类后的行/列自动生成分组侧边色条，只需在调用函数时显式设置 row_side_colors = NULL 即可移除行侧颜色条。
另外原始代码存在两个细节问题需要修正：

1. 输入的eg数据框第一列为行名字符列，直接传入会将整个数值矩阵转为字符型，导致绘图异常，需要取除第一列外的数值部分作为热图输入
2. file属于导出相关参数，放在数据参数前容易出现参数匹配错误，建议放在参数列表末尾

修正后的可运行代码：

eg <- read.delim(file="example_heatmap.txt", header=T, sep="\t")
heatmaply(
    x = eg[, -1], # 提取数值矩阵部分作为绘图输入
    colors = colorRampPalette(colors=c("lightblue", "darkblue")), 
    column_text_angle = 45, 
    plot_method = "plotly",
    key.title = "Ab", 
    labRow = eg[, 1],
    row_side_colors = NULL, # 关闭行侧颜色条
    height = 2000,
    file = "heatmap_eg.png"
)

如果不需要列侧颜色条，额外添加参数 col_side_colors = NULL 即可同步移除。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mir Alvee Ahmed