使用GitHub Actions运行R RMD文件报缺少rmarkdown包错误

你碰到的there is no package called ‘rmarkdown’错误，本质是GitHub Actions的ubuntu-latest运行机是全新初始化的空白系统，既没有预装R运行环境，也没有你本地RStudio里提前装好的rmarkdown、knitr等依赖包，直接执行渲染命令必然缺包报错。
除此之外你现有配置还有两个会导致后续流程失败的问题：

• 没给工作流开放仓库写入权限，就算渲染成功也没法把结果push回仓库
• 缺R环境初始化、依赖安装步骤，后续就算装了rmarkdown，RMD文件里引用的其他第三方包也会报同样的缺包错误

1. 开启工作流写入权限 #

进入仓库Settings页面，依次打开Actions > General设置页，拉到Workflow permissions板块，选中Read and write permissions后保存，否则工作流没有提交代码到仓库的权限。

2. 更新工作流配置文件 #

替换原有data_refresh.yaml的内容，补全R环境搭建、依赖安装步骤：

name: Package Data Refresh

on:
  schedule:
    - cron: '0  12 * * *'
  workflow_dispatch:

jobs:
  build:
    name: refresh the dashboard
    runs-on: ubuntu-latest
    steps:
      - name: checkout_repo
        uses: actions/checkout@v4
        with:
          ref:  'master'
          fetch-depth: 0

      - name: Setup R runtime
        uses: r-lib/actions/setup-r@v2
        with:
          r-version: 'release'

      - name: Install R dependencies
        run: |
          install.packages(
            c("rmarkdown", "knitr"),
            repos = "https://cran.rstudio.com/"
          )
        shell: Rscript {0}

      - name: Run render and push script
        run: bash ./bash/data_refresh.sh

提示：如果你的README.Rmd里用到了其他R包，比如tidyverse、DT这类，直接把包名加到上面c()的向量列表里就行，和你本地R装包的逻辑完全一致。

3. 优化bash脚本（可选，避免无意义报错） #

替换原有./bash/data_refresh.sh内容，补全分支指定，把提交用户换成官方actions机器人，不用暴露自己的个人账号信息：

#!/bin/bash

echo "Rendering the page..."

Rscript -e "rmarkdown::render(input = 'README.Rmd')"

if [[ -n "$(git status --porcelain)" ]]; then
    git config --global user.name 'github-actions[bot]'
    git config --global user.email '41898282+github-actions[bot]@users.noreply.github.com'
    git add .
    git commit -m "Auto update Report"
    git push origin master
fi

把修改后的两个文件提交推送到master分支，进入仓库的Actions页面，手动触发一次工作流，就能正常跑通全流程：定时/手动触发后自动渲染RMD，有内容变更就自动提交回仓库，不用本地手动操作。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者MCP_infiltrator