Win11中R的Sys.getenv()返回PATH异于CMD，rtools42路径无法移除

R 4.2.0 版本针对配套RTools 4.2做了内置启动适配，这两条rtools路径并非读取自Windows系统环境变量，是R进程启动初始化阶段自动插入当前会话PATH变量最前端的：

• R启动时会默认检测C盘根目录是否存在C:\rtools42文件夹，只要检测到路径存在，就会自动将C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin、C:\rtools42\usr\bin两个路径加到PATH最开头，优先级高于所有系统、用户配置的PATH条目
• 该逻辑是R Windows版本内置的启动流程，不会写入系统注册表、全局环境变量配置，因此在控制面板、CMD中无法查询到这两个路径
• 卸载RTools后路径仍然存在的核心原因是卸载流程未删除C盘根目录残留的C:\rtools42文件夹，R启动时只要检测到文件夹残留就会继续执行路径注入，和是否完整安装RTools组件无关
• 用户级.Renviron配置不生效的原因是R注入rtools路径的流程早于用户级配置文件加载，PATH="${PATH};xxx"的写法是在已包含rtools路径的PATH基础上追加内容，不会改变rtools路径的最高优先级。

根据自身需求选择对应操作即可：

不需要使用RTools 4.2的场景 #

• 直接删除C盘根目录下残留的C:\rtools42文件夹，R启动时检测不到该目录就不会自动注入对应路径
• 打开R安装目录下的etc文件夹（默认路径为C:\Program Files\R\R-4.2.0\etc），找到Renviron.site和Rprofile.site两个文件，用纯文本编辑器打开后删除所有包含rtools42、RTOOLS42_HOME字样的配置行，保存后重启R即可生效。

需要保留RTools 4.2，仅调整路径优先级的场景 #

不需要删除RTools，直接修改R安装目录下etc/Rprofile.site文件，在文件末尾追加对应代码保存即可。
如果要让Strawberry Perl优先级高于RTools内置perl，追加以下代码：

# 将Strawberry Perl路径放到PATH最高优先级
Sys.setenv(PATH = paste("C:\\Strawberry\\perl\\bin", Sys.getenv("PATH"), sep = ";"))

如果要彻底从PATH中剔除所有rtools42相关路径，追加以下代码：

# 清除PATH中所有rtools42相关条目
current_path <- Sys.getenv("PATH")
clean_path <- gsub("C:\\\\rtools42[^;]*;", "", current_path)
Sys.setenv(PATH = clean_path)

注意：不要将上述配置写在用户目录下的.Rprofile或.Renviron中，部分R集成环境、Rscript命令行调用场景不会加载用户级配置，直接修改R安装目录下的站点级配置可以保证所有启动场景都生效。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ErwinTATP