R语言Bland Altman图排除异常值及置信区间设置方法

BlandAltmanLeh包的bland.altman.plot()没有内置一键剔除异常值、仅显示置信区间的专用参数，可通过以下步骤实现需求：

1 异常值剔除 #

先调用包内置的统计量计算函数拿到基础计算结果，按规则筛除异常值后再绘图，常规异常值判定规则为「两个方法的差值落在 差值均值±1.96倍差值标准差（即95%一致性界限）范围外」，可按需调整阈值：

library(BlandAltmanLeh)
library(ggplot2)

# 计算Bland-Altman分析所有基础统计量
ba_stats <- bland.altman.stats(m1, m2)
# 组装绘图用数据框
ba_df <- data.frame(
  mean_val = ba_stats$means,
  diff_val = ba_stats$diffs
)
# 标记并剔除异常值
ba_df$is_outlier <- with(ba_df, 
  diff_val < ba_stats$lower.limit | diff_val > ba_stats$upper.limit
)
ba_df_clean <- ba_df[!ba_df$is_outlier, ]

2 仅展示置信区间 #

直接基于清洗后的数据自定义绘图，可自由控制显示的元素，不需要的参考线、图层直接注释删除即可，比修改bland.altman.plot()返回的默认ggplot对象（需要手动删内置图层，容易出错）可控性更高：

# 从统计量结果中直接取所需的CI值
ci_mean <- ba_stats$CI.lines
ci_loa_low <- ba_stats$CI.lines.loa.lower
ci_loa_high <- ba_stats$CI.lines.loa.upper

# 自定义绘图
S_plot_clean <- ggplot(ba_df_clean, aes(x = mean_val, y = diff_val)) +
  geom_point(size = 1.8) +
  # 若需要显示均值、一致性界限的参考线，取消下面三行注释即可
  # geom_hline(yintercept = ba_stats$mean.diffs, linetype = "dashed", color = "navy") +
  # geom_hline(yintercept = ba_stats$lower.limit, linetype = "dashed", color = "firebrick") +
  # geom_hline(yintercept = ba_stats$upper.limit, linetype = "dashed", color = "firebrick") +
  # 绘制置信区间带，不需要的区间直接注释删除
  annotate("rect", xmin = -Inf, xmax = Inf, 
           ymin = ci_mean[2], ymax = ci_mean[3],
           fill = "navy", alpha = 0.2) +
  annotate("rect", xmin = -Inf, xmax = Inf, 
           ymin = ci_loa_low[2], ymax = ci_loa_low[3],
           fill = "firebrick", alpha = 0.2) +
  annotate("rect", xmin = -Inf, xmax = Inf, 
           ymin = ci_loa_high[2], ymax = ci_loa_high[3],
           fill = "firebrick", alpha = 0.2) +
  labs(x = "两种方法测量均值", y = "两种方法测量差值",
       title = "Bland Altman plot Stress") +
  theme_bw()

print(S_plot_clean)

如果一定要修改默认生成的S_plot对象，可通过S_plot$layers查看所有内置图层，定位到绘制参考线的GeomHline图层对应的索引后，用S_plot$layers[[索引]] <- NULL删除对应图层即可，但这种方法依赖包内置的图层顺序，版本更新后可能失效，更推荐用自定义绘图的方式。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Christine