Conda环境下Spyder使用PyGMT出现版本与依赖报错求助

两个问题分别是Conda频道优先级错误导致的依赖版本不匹配、跨环境调用程序导致的版本不对，按以下步骤操作即可： #

1. 先修复PyGMT加载报错（GLIBCXX/libgmt找不到问题） #

你看到的GLIBCXX_3.4.30 not found报错，本质是创建环境时混用了不同频道的安装包，且环境优先调用了系统自带的旧版libstdc++库，没有使用conda环境内打包的新版依赖：

• 终端执行命令激活pygmt环境：

  conda activate pygmt
  

• 给当前环境强制设置conda-forge频道为最高优先级，避免依赖混装：

  conda config --env --add channels conda-forge
  conda config --env --set channel_priority strict
  

• 重装/更新匹配版本的依赖包，补全缺失的库文件：

  conda install -c conda-forge libstdcxx-ng gdal pygmt --update-all
  

• 先在终端验证PyGMT是否能正常加载，不出现报错即为修复成功：

  python -c "import pygmt; print(pygmt.show_versions())"
  

如果这一步还是提示libstdc++版本不对，执行下面的命令把conda环境的库路径加到加载优先级最前面，可以把这行写到~/.bashrc里永久生效：

export LD_LIBRARY_PATH=$CONDA_PREFIX/lib:$LD_LIBRARY_PATH

2. 修复Spyder版本为5的问题 #

你现在打开的Spyder3是系统/base环境里的旧版本，没有关联到pygmt环境，两种方案选一个即可：

方案1（最省事，不改动原有spyder-env配置） #

直接在pygmt环境内安装Spyder5：

• 保持pygmt环境激活状态，执行：

  conda install -c conda-forge spyder=5
  

• 后续使用时必须先激活pygmt环境，再在终端输入spyder启动，不要点系统桌面的快捷方式，否则会打开其他环境的旧版Spyder。

方案2（复用原有spyder-env里的Spyder5） #

不用额外装Spyder，给pygmt环境注册内核到现有Spyder即可：

• 激活pygmt环境，安装ipykernel并注册到系统：

  conda install ipykernel
  python -m ipykernel install --user --name=pygmt
  

• 切回spyder-env环境，启动你原来用的Spyder5，点击界面右下角的Python解释器选项，选择路径为/home/vialb/miniconda3/envs/pygmt/bin/python的解释器，重启内核后就能正常调用pygmt环境的所有库。

补充：最开始spyder-env里找不到libgmt.so的问题 #

这个报错也是因为没有设置conda-forge的严格频道优先级，导致安装pygmt时没装全GMT的二进制依赖。如果你不想单独维护pygmt环境，直接回到spyder-env里按前面的步骤设置频道优先级，再执行conda install -c conda-forge pygmt就能正常安装使用，不会出现找不到libgmt.so的问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者BenjiBoy