Snakemake结合Singularity使用时如何实现任意路径文件目录创建

Snakemake 调用 Singularity（现也叫Apptainer）运行容器时，默认只会把当前工作流的工作目录挂载为可读写模式，宿主机器上的其他路径要么以只读模式挂载、要么不做挂载，因此写入工作目录外的路径会触发Read-only file system报错。
你示例中touch ~/hello.txt能正常执行，是因为Snakemake启动容器时会将容器内的HOME变量默认指向工作目录，实际文件还是写在工作目录内，并没有写入宿主的真实家目录。

按需绑定可写路径（最推荐，安全性最高） #

这是最稳妥的方案，仅给需要写入的目标路径开放权限，符合最小权限原则。
启动Snakemake时通过--singularity-args参数传入Singularity的路径绑定规则即可，绑定格式为宿主绝对路径:容器内对应路径:rw，末尾的rw标记代表可读写，多个路径用逗号分隔。
比如需要往宿主的/home/user目录写文件，启动命令添加如下参数：

snakemake --use-singularity --singularity-args "--bind /home/user:/home/user:rw"

如果还有其他需要写入的路径，例如/data/result目录，直接扩展绑定参数即可：

snakemake --use-singularity --singularity-args "--bind /home/user:/home/user:rw,/data/result:/data/result:rw"

如果不想每次执行命令都携带该参数，可以把配置写到Snakemake工作流配置或者运行profile中，实现全局生效：

# 写入工作流config.yaml或者profile配置文件
singularity:
  args: "--bind /home/user:/home/user:rw,/data/result:/data/result:rw"

单规则单独配置绑定路径 #

如果只有个别规则需要写入工作目录外的路径，没必要全局开放权限，直接在对应规则的params字段单独传入该规则的Singularity绑定参数即可：

rule write_external_file:
    container: "docker://some_image"
    params:
        singularity_args = "--bind /home/user:/home/user:rw"
    shell:
        "touch /home/user/hello.txt"

全路径可写（极度不推荐） #

如果确实有特殊场景需要给容器开放所有宿主路径的写入权限，可以直接将宿主根目录以可读写模式挂载进容器。注意：该操作会完全破坏容器隔离性，容器内操作可以任意修改、删除宿主系统文件，有极高安全风险，非必要绝对不要使用：

snakemake --use-singularity --singularity-args "--bind /:/:rw"

• Singularity容器默认使用启动Snakemake的宿主用户身份运行，就算给路径加了rw挂载，如果你在宿主系统本身没有目标路径的写入权限，容器内依然无法写入文件，需要先在宿主上给当前用户开放目标路径的写权限。
• 不要随意添加--privileged参数启动容器，会放开设备访问等一堆高危权限，完全没有必要。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者yippingAppa