如何在Google Colab中运行Python项目并执行minihit命令
Google Colab 运行自有minihit项目操作方法
Colab分配的是临时云端虚拟机,按下面步骤操作就能和本地终端一样执行所有minihit命令:
1. 上传项目文件
- 新建Colab笔记本,点击左侧边栏的文件夹图标,打开云端文件管理面板
- 两种上传方式选一个就行:
- 项目体积不大的话,直接把本地整个项目文件夹拖进文件管理面板,等上传进度条走完
- 项目托管在Git仓库的话,新建代码格执行克隆命令:
!git clone 你的项目Git地址
- 上传完成后文件面板里的结构要和你本地项目结构一致,参考:项目结构截图
2. 切换到项目工作目录
新建代码格执行路径切换命令,路径要切到你本地平时跑minihit命令的那个根目录(也就是minihit文件夹所在的上一级目录):
%cd /content/你的项目文件夹名称
切完可以执行
!ls验证下,输出列表里能看到minihit文件夹、input.txt文件就说明路径对了,路径不对会报找不到minihit模块的错误。
3. 安装依赖
如果项目根目录有requirements.txt,直接执行:
!pip install -r requirements.txt
用到--render参数如果报渲染相关依赖缺失,直接补装对应包就行:Python包装用!pip install 包名,系统级依赖用!apt-get install 包名。
4. 执行minihit命令
Colab代码格里执行shell命令前面加!就行,所有命令和本地终端效果完全一致,对应你需要的命令如下:
- 查看帮助说明:
!python -m minihit --help - 基础运行读取input.txt计算:
!python -m minihit input.txt - 运行并生成可视化渲染结果:
!python -m minihit input.txt --render - 指定渲染结果输出路径前缀:
!python -m minihit input.txt --render --outprefix=/content/minimal_hitting_sets注意:Colab是独立云端环境,不要写你本地电脑的路径,输出路径统一写
/content开头的云端路径,生成的文件可以直接在左侧文件面板右键下载到本地。 - 开启剪枝参数运行:
!python -m minihit input.txt --prune - 排序后渲染结果运行:
!python -m minihit input.txt --sort --render
补充说明
- Colab的临时虚拟机会在关闭会话、闲置超时后自动重置,所有上传的文件、生成的结果都会被清空,重要输出跑完及时下载
- 不想每次重连都重新传项目,可以执行以下命令挂载你的Google Drive,把项目存在Drive里就能持久化保存:
挂载后切换工作目录到Drive里的项目路径即可,不用重复上传。from google.colab import drive drive.mount('/content/drive') - 执行命令时报错找不到模块,优先检查当前工作目录是否正确,执行
!pwd可以查看当前所在路径。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者DayGel
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