如何设置Snakemake当前Snakefile各Conda环境的默认Python版本

以下方案均不会修改全局Conda配置，也不需要给每条规则单独编写指定Python版本的yaml：

• 临时环境变量方案（单次运行生效，零文件修改）
  运行Snakemake时在命令前加Conda原生的包锁定环境变量即可，所有本次运行触发创建的新环境都会强制安装Python 3.6，命令示例：

  CONDA_PINNED_PACKAGES="python=3.6" snakemake --cores 你的调用线程数 --use-conda 原有其他运行参数
  

  该方案作用域仅限当前启动的Snakemake进程，不会影响其他项目的Conda环境创建，也不会改动用户目录下的全局.condarc配置。如果某条规则/wrapper的依赖明确要求其他Python版本，Conda会直接抛出依赖冲突报错，不会静默安装高版本Python，方便定位特殊适配项。
• 工作流专属配置方案（配置随工作流留存，多次运行不用重复加参数）
  在Snakefile所在目录新建一个工作流专属的conda配置文件（比如命名为workflow_conda_config.yaml），内容如下：

  pinned_packages:
    - python=3.6
  

  运行Snakemake时加上指定Conda配置文件的参数即可：

  snakemake --cores 你的调用线程数 --use-conda --conda-configfile ./workflow_conda_config.yaml 原有其他运行参数
  

  该方案下配置仅对当前工作流生效，只要其他项目运行时不带这个--conda-configfile参数，就完全不会受到Python版本锁定的影响。

• 依赖安装范围：Snakemake本身不会向新建环境注入任何默认依赖，所有安装的包完全来自规则对应的conda yaml配置（包括wrapper自带的yaml）中声明的依赖，以及依赖传递拉取的关联包。你遇到的默认安装Python 3.10的问题，本质是大部分旧版wrapper和流程yaml没有约束Python版本，Conda解依赖时会默认拉取配置源中可用的最新稳定版Python，和Snakemake本身的默认设置无关。
• 环境创建参数：Snakemake调用Conda创建环境时默认继承当前系统Conda的基础配置（比如通道优先级、镜像源设置），不会额外添加特殊安装参数；默认将环境存储在工作目录下的.snakemake/conda路径中，以对应yaml配置的内容哈希值命名，相同配置的环境不会重复创建。
• Wrapper适配说明：适配Python 3.6的NGS流程大多开发于2018-2020年，同期的Snakemake wrapper普遍没有添加Python版本上限约束，在新版Conda源下运行时就会因为拉取最新Python触发语法报错、依赖兼容警告，属于这类老流程的常见运行问题。如果锁定Python 3.6后出现个别规则依赖冲突，单独给对应规则编写兼容Python 3.6的依赖yaml即可，不需要调整全局配置。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者gernophil