升级R/RStudio最新版后sf/terra/rgdal等R包安装失败问题

你碰到的三类报错分别对应下载超时、底层系统依赖缺失、二进制包架构不匹配，按以下顺序操作即可修复：

• 第一步先修正R的默认安装配置，打开R控制台运行以下命令，延长下载超时时间，强制优先安装预编译二进制包，避免自动触发源码编译：

options(timeout = 600)
options(install.packages.check.source = "no")
options(pkgType = "binary")

• 第二步安装系统级依赖：sf/terra/rgdal三个空间包都依赖GDAL、GEOS、PROJ三个地理空间底层库，源码安装时报gdal-config not found就是系统缺少这些库导致的。先安装macOS包管理工具Homebrew，安装完成后打开系统终端执行以下命令安装依赖：

brew install gdal geos proj

验证依赖是否安装成功：终端执行which gdal-config，如果返回/usr/local/bin/gdal-config（x86架构Mac的默认路径）即为正常。

• 第三步清理之前错误安装的包，在R控制台运行：

remove.packages(c("rgdal", "terra", "sf"))

你之前手动安装rgdal报mach-o, but wrong architecture错误，是因为下载的tgz安装包是适配M系列芯片的ARM架构版本，和你x86_64架构的系统不匹配，清理后不要手动下载安装包，用默认install.packages命令安装即可。

• 第四步完全关闭RStudio，重新启动时不要加载历史工作空间，直接运行安装命令：

install.packages(c("sf", "terra", "rgdal"))

• 如果安装过程中弹出“是否从源码安装”的提示，直接输入no选择二进制版本即可，预编译的二进制包已经打包好所有依赖，不会出现编译报错。

• 不要随意从CRAN手动下载tgz包安装，若必须手动安装，一定要确认安装包后缀匹配你的CPU架构：x86芯片选x86_64版本，M系列芯片选arm64版本，版本不匹配就会报架构错误。
• 如果你的电脑之前通过MacPorts或其他渠道安装过GDAL，先把其他渠道的GDAL路径从系统环境变量中移除，避免和Homebrew安装的版本冲突。
• 如果安装完成后加载包报共享库链接错误，重启电脑让环境变量生效后再尝试加载。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者FlyingDutch