如何将任意子目录下的Python模块迁移至site-packages目录

• 第一步先把MGLTools下所有相关依赖包完整迁移到Anaconda的模块搜索路径。不要只复制Utilities24单文件夹，必须把同目录下AutoDockTools依赖的MolKit、PyBabel、mglutil等配套包一起复制，否则运行时会报模块缺失错误。执行复制命令时注意路径里的空格、括号要做转义处理：

cp -r /mnt/d/Program\ Files\ \(x86\)/MGLTools-1.5.6/Lib/site-packages/* /home/$username/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/

• 第二步修改目标脚本的解释器路径并添加可执行权限。找到复制完成后的prepare_receptor.py，路径为/home/$username/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor.py，打开文件把第一行的shebang配置（原来指向MGLTools自带python的路径）替换为Anaconda环境的python路径，也就是改成：

#!/home/$username/anaconda3/bin/python

保存退出后给脚本添加可执行权限：

chmod +x /home/$username/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor.py

• 第三步把脚本所在目录加入系统环境变量，实现任意路径下直接调用脚本。如果你用bash终端，就编辑~/.bashrc文件，用zsh就编辑~/.zshrc，在文件末尾追加一行配置：

export PATH="/home/$username/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/AutoDockTools/Utilities24:$PATH"

保存后执行对应source命令让配置立即生效，bash用户执行source ~/.bashrc，zsh用户执行source ~/.zshrc。

• 最后直接在终端测试命令：prepare_receptor.py -r a.pdb -o a.pdbqt，能正常运行就配置完成。

注意：MGLTools 1.5.6的官方配套脚本大多基于Python2语法编写，如果你的Anaconda Python3.7环境运行时报语法错误，可以单独新建一个Python2.7版本的conda虚拟环境，把上述操作里的site-packages路径、python解释器路径替换成对应虚拟环境的路径即可，操作逻辑完全一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者BARIS KURT