PyCharm保存Jupyter Notebook时自动删除末尾换行符如何解决？

根因说明 #

PyCharm对.ipynb格式文件采用独立的内置序列化逻辑，和普通文本/代码文件的保存链路完全隔离：

• 全局配置里的Ensure Newline on all files规则仅对普通文本类文件生效
• .editorconfig的换行、缩进类规则不会被Jupyter文件序列化逻辑读取
  所以之前调整的两类配置都不会对ipynb文件的末尾换行行为产生约束。

分步修复方案 #

• 开启Jupyter文件专属的末尾换行配置
  打开Settings > Languages & Frameworks > Jupyter配置页，找到Preserve final newline in .ipynb files选项勾选保存；如果在上述路径找不到对应选项，直接进入Settings > Advanced Settings，搜索关键词notebook newline，找到对应Jupyter换行保留开关勾选后重启IDE生效。
• 排查第三方插件冲突
  如果开启内置开关后问题仍然存在，基本是第三方插件覆写了Notebook的原生保存逻辑：进入Settings > Plugins，临时禁用所有非JetBrains官方发布的Jupyter增强、保存时自动格式化类插件，每次禁用单个插件后测试文件保存行为，定位到冲突插件后，要么调整该插件的保存规则关闭自动移除换行的逻辑，要么更换为兼容的插件版本。
• Git侧兜底方案（避免脏记录）
  如果暂时无法调整IDE配置，可以直接在项目根目录新增/修改.gitattributes文件，添加如下规则让Git自动统一ipynb文件的换行逻辑：

  *.ipynb text eol=lf
  

  配置完成后在项目根目录执行命令git add --renormalize .，统一存量文件的换行格式，后续就不会再因为末尾换行符问题产生无意义的暂存区变更。

注意：不要在.editorconfig中给.ipynb文件配置end_of_line、indent_size这类文本格式规则，ipynb本质是结构化JSON文件，这类配置不仅不会生效，反而可能和IDE内置的序列化逻辑产生额外冲突。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Melly Beechwood