R语言Plotly如何将3D表面图导出保存为SVG或TIFF格式

首先修正你原有代码的一处逻辑问题：layout()函数的返回值没有重新赋值给图对象，导致你设置的坐标轴范围、标题都没有实际存入Fig1对象，先把绘图代码调整为如下形式：

library(plotly)
EjeX <- Table$Col1
EjeY <- Table$Col2
EjeZ <- as.matrix(Conc)
Fig1 <- plot_ly(
  x = EjeY, 
  y = EjeX, 
  z = EjeZ
) %>% add_surface(
  contours = list(
    z = list(
      show=TRUE,
      usecolormap=TRUE,
      highlightcolor="#ff0000",
      project=list(z=TRUE)
    )
  )
) %>% layout(
  scene = list(
    xaxis = list(title = "x", range = c(5,15)), 
    yaxis = list(title = "y", range = c(100,160)), 
    zaxis = list(title = "z", range = c(0,14))
  )
)

plotly绘制的3D表面图基于WebGL渲染，直接用RStudio自带的导出按钮、或者普通的静态图导出函数会出现导出空白、内容缺失的问题，针对SVG和TIFF两种格式，按下面的方法操作即可正常导出：

导出为SVG格式 #

使用plotly官方提供的orca静态导出工具即可导出可编辑的矢量SVG文件，不会出现内容缺失的问题。
首次使用前先安装依赖：

# 安装依赖包
if (!requireNamespace("processx", quietly = TRUE)) install.packages("processx")
# 安装orca静态导出组件
orca_install()

依赖安装完成后，运行以下命令即可直接导出SVG：

orca(Fig1, file = "3d_surface_plot.svg")

导出为TIFF格式 #

根据需求二选一即可：

• 直接导出高分辨率TIFF：适合快速出图，直接指定导出宽高即可，以下代码导出的文件对应300DPI印刷分辨率，满足绝大多数期刊投稿要求：

orca(Fig1, file = "3d_surface_plot.tiff", width = 2400, height = 1800)

• 自定义参数导出：如果需要设置TIFF压缩格式、色彩模式等参数，可以先导出高分辨率PNG，再通过magick包转存为TIFF，灵活度更高：

library(magick)
# 导出临时高分辨率PNG
orca(Fig1, file = "temp_highres.png", width = 2400, height = 1800)
# 读取PNG转存为LZW压缩的TIFF
img <- image_read("temp_highres.png")
image_write(img, path = "3d_surface_plot.tiff", format = "tiff", compression = "LZW")
# 删除临时文件
file.remove("temp_highres.png")

注意事项 #

• 不要依赖RStudio界面的「Export」菜单导出plotly 3D图，该功能无法捕获WebGL渲染的内容，导出的文件要么空白要么分辨率不满足要求。
• 运行orca_install()如果下载失败，先关闭系统代理后重试即可。
• 导出尺寸可以根据实际排版需求调整，只要保证最终导出分辨率不低于300DPI就不会出现印刷模糊的问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Esther