R语言数据列处理组分类赋值与ggplot2绘图配色失效问题

你的代码无法正常生效、分类目标无法达成，核心是4个问题：

• aes()中映射的是图形fill（填充）属性，但你调用的scale_colour_manual()仅控制轮廓/文字/点的颜色，填充色需对应使用scale_fill_manual()
• 颜色映射规则不匹配：Treatment列为数值型，你给颜色向量命名时使用了字符串格式；同时同组的2号处理颜色值写为大写开头的Purple，和其余同组的小写purple不一致，会导致同组颜色不统一
• 列名引用错误：示例数据中花量列名为B. perennis，代码中写为Bellis.perennis，无法匹配到对应列
• 未提前做分组映射：要将1-4、5-9归为两类，直接在数据框中新增分类列即可，无需给9个处理逐一赋值，后续画柱状图、直方图都可以直接调用该分组列。

首先加载依赖包、预处理数据，新增分组标签：

library(ggplot2)
library(dplyr)

Flower <- Flower %>%
  mutate(
    Treatment = as.factor(Treatment), # 转因子类型，避免颜色匹配错误
    # 按需求给处理打大类标签，名称可根据试验设计自行修改
    treat_group = case_when(
      Treatment %in% 1:4 ~ "对照组",
      Treatment %in% 5:9 ~ "处理组"
    )
  )

方案1：按单个处理上色（同组同色） #

修正颜色映射规则，替换为填充色标度：

# 统一颜色值写法，命名和Treatment水平一一对应
cols <- c(
  "1" = "purple", "2" = "purple", "3" = "purple", "4" = "purple",
  "5" = "red", "6" = "red", "7" = "red", "8" = "red", "9" = "red"
)

ggplot(Flower, aes(x = Date, y = `B. perennis`, fill = Treatment)) +
  scale_fill_manual(values = cols) +
  geom_col() +
  labs(x = "调查日期", y = "开花数量", title = "雏菊开花数量统计")

方案2：按合并后的大类上色（适配后续直方图绘制） #

直接调用预处理时新建的分组列，代码更简洁，切换直方图只需要替换geom层即可：

# 柱状图
ggplot(Flower, aes(x = Date, y = `B. perennis`, fill = treat_group)) +
  scale_fill_manual(values = c("对照组" = "purple", "处理组" = "red")) +
  geom_col(position = position_dodge(0.8)) +
  labs(x = "调查日期", y = "开花数量", title = "雏菊开花数量统计", fill = "试验分组")

# 直方图（统计开花数分布）
ggplot(Flower, aes(x = `B. perennis`, fill = treat_group)) +
  scale_fill_manual(values = c("对照组" = "purple", "处理组" = "red")) +
  geom_histogram(binwidth = 50, position = "identity", alpha = 0.6) +
  labs(x = "单样方开花数", y = "频数", title = "雏菊开花数分布直方图", fill = "试验分组")

小提示：带空格、特殊符号的列名在ggplot2的aes()中引用时，需要用反引号包裹，否则会识别报错。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Rachel97