R批量读取csv矩阵文件 上三角log10变换后加后缀保存

核心处理逻辑：

• 自动识别工作目录下所有.csv格式原始文件，自动跳过已生成的_log.csv结果文件避免重复处理
• 读取文件后严格仅对矩阵上三角区域的有效值执行log10变换，完全保留下三角区域的0值不做修改
• 输出文件自动沿用原文件名主体，追加_log.csv后缀后保存到原工作目录，不改动原始文件

# 1. 提取当前工作目录下所有原始csv文件
all_csv <- list.files(pattern = "\\.csv$")
# 过滤掉已经生成的_log结果文件
raw_csv <- all_csv[!grepl("_log\\.csv$", all_csv)]

# 2. 逐文件循环处理
for (f in raw_csv) {
  # 读取为矩阵格式，默认按无表头、无行名读取，保持90*90结构
  mat <- as.matrix(read.csv(f, header = FALSE, check.names = FALSE))
  
  # 定位上三角区域索引：diag=FALSE表示不包含对角线，若对角线需做变换改为TRUE即可
  upper_pos <- upper.tri(mat, diag = FALSE)
  # 仅对上三角元素执行log10变换
  mat[upper_pos] <- log10(mat[upper_pos])
  
  # 生成输出文件名
  out_name <- sub("\\.csv$", "_log.csv", f)
  # 保存处理后的矩阵，不写入行名、列名，保持和原文件结构一致
  write.csv(mat, out_name, row.names = FALSE, col.names = FALSE)
  
  # 打印处理进度
  cat("处理完成：", f, " → ", out_name, "\n")
}

注意事项 #

• 如果你的原始矩阵对角线位置也存储了需要变换的有效数值，将upper.tri()参数中的diag = FALSE修改为diag = TRUE即可
• 如果原始CSV文件第一行是列名、第一列是行名，请对应调整read.csv()和write.csv()中的header、row.names参数，避免读入数据结构错乱
• 若担心上三角区域存在0值导致log10计算结果为无穷大，可以在变换行前加校验代码if(any(mat[upper_pos] <= 0)) stop(paste0(f, "上三角存在非正值，终止运行"))，遇到异常数据会直接报错，避免生成错误结果
• 代码不会修改原始CSV文件，所有处理结果都存在新生成的_log.csv文件中，调试时不用担心损坏原始数据

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sid0311