如何在Google Colab中安装使用GitHub上的Fpocket项目？

之前安装方式失效的原因 #

• 直接执行!pip install git+https://github.com/Discngine/fpocket报setup.py不存在错误：Fpocket是C语言编写的原生分子口袋检测工具，不是标准Python包，官方仓库没有提供pip安装所需的打包配置文件，用pip安装从根上就行不通。
• 直接运行官方给出的conda安装命令失败：Colab默认预装的是裁剪版miniconda环境，频道配置、依赖路径都不全，直接跑安装命令要么找不到目标包，要么卡依赖解析半天装不上。

方案一：通过conda安装（最稳定，和官方推荐逻辑一致） #

按顺序在Colab单元格里运行以下命令即可：

1. 先安装condacolab组件补全Colab下的conda运行环境

   !pip install -q condacolab
   import condacolab
   condacolab.install()
   

   注意：跑完这步内核会自动重启，等它重启完成后再运行后续代码，别手动点重置运行时，不然前面装的组件会失效
2. 内核重启完成后，配置conda频道并安装Fpocket

   import condacolab
   condacolab.check()
   !conda config --add channels conda-forge
   !conda install -y fpocket
   

3. 验证安装结果

   !fpocket --version
   

   命令正常输出版本号就代表安装成功，后续可以直接在Colab单元格里用!fpocket [参数]的方式调用工具。

方案二：源码编译安装（无需配置conda，更省空间） #

如果觉得装conda额外占存储空间，可以直接利用Colab自带的编译环境从源码构建安装，逐块运行以下命令即可：

# 先装系统层面的编译依赖
!apt-get update -y && apt-get install -y libnetcdf-dev libgomp1
# 拉取官方源码
!git clone https://github.com/Discngine/fpocket.git
%cd fpocket
# 多线程编译+全局安装
!make -j$(nproc)
!make install

安装完成后同样执行!fpocket --version验证，返回版本信息即可正常使用。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者drorhun