R使用genepop包计算Fst时出现无法打开文件报错的问题咨询

问题场景 #

运行如下genepop Fst计算代码时触发报错：

library(genepop)
setwd("C:/Users/Admin/Documents/Test R")
infile<-file.choose()
Fst(
  infile,
  sizes = FALSE,
  pairs = T,
  outputFile = "Run0-Neu",
  dataType = "Diploid",
  verbose = interactive()
)

返回报错：

set_eof_check_EOLtype() cannot open file!
parseFile() cannot reopen C:\Users\Admin\Documents\Test although it could previously be opened.
Error in REstimatingSpatialStructureAlleleIdentyAllPopulationsPairs(inputFile,  : 
parseFile() cannot reopen input file.

相同R版本、相同代码在其他设备可正常运行，仅当前设备触发报错。

报错原因 #

从报错信息里的路径截断特征（设置的工作目录是C:/Users/Admin/Documents/Test R，但报错里尝试读取的路径被截断为C:\Users\Admin\Documents\Test）可以直接定位核心问题：
genepop的底层文件读写逻辑由C语言实现，无法识别包含空格、全角中文、特殊符号的文件路径，遇到空格时会直接把空格识别为路径终止符，导致路径读取不全，找不到目标文件。
其他低概率诱因：

• genepop包版本过旧，存在已知的路径解析bug
• 输入的genepop格式文件换行符为非通用格式，或被其他程序占用锁定
• 文件编码不符合要求

解决方法 #

按优先级依次尝试即可：

1. 清理路径中的空格和特殊字符（成功率90%以上）
   把存储输入文件的文件夹Test R重命名为无空格的名称，比如Test_R，同步修改代码里的工作目录路径：

   setwd("C:/Users/Admin/Documents/Test_R")
   

   注意检查文件全路径所有层级都不要出现中文、全角符号、空格、&/%等特殊字符。
2. 用短路径函数绕开空格识别问题
   如果不想修改文件夹名称，调用R内置的shortPathName()函数将带空格的路径转换为Windows兼容的8.3短格式，修改文件读取行代码：

   infile <- shortPathName(file.choose())
   

3. 检查输入文件状态
   • 关闭所有可能打开该输入文件的程序（WPS、Excel、文本编辑器等），解除文件占用
   • 用系统记事本打开输入文件，选择「另存为」，编码选ANSI，换行符选Windows CRLF格式后保存
4. 重装最新版genepop包
   旧版本包存在部分路径解析bug，运行如下代码重装后重试：

   remove.packages("genepop")
   install.packages("genepop")
   

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Marie Launay