Snakemake运行svaba时如何为多个bam输入分别添加-t参数前缀

Svaba要求每个输入bam文件前必须加-t标记，直接传入Snakemake生成的文件列表时会默认用空格拼接所有路径，仅第一个文件能匹配到前置的-t，可通过以下两种方式修正，同时已修复原代码中output块的缩进语法错误：

方法1：最小改动，shell块内直接拼接（推荐） #

利用Python字符串的join方法处理bam文件列表，仅需修改shell行的写法即可，规则逻辑清晰改动量小：

SAMPLES = ['1', '2', '3', '4']
rule svaba_run:
    input:
        ref="references/hg19.fa", 
        bam=expand("sample{sample}.bam", sample=SAMPLES)
    output:
        indels="test.svaba.indel.vcf",
        sv="test.svaba.sv.vcf"
    shell:
        "svaba run -g {input.ref} -t " + " -t ".join(input.bam)

该写法最终生成的shell命令完全符合svaba的格式要求：

svaba run -g references/hg19.fa -t sample1.bam -t sample2.bam -t sample3.bam -t sample4.bam

后续修改SAMPLES列表增减样本时，无需调整shell部分代码，会自动适配。

方法2：params块预构造参数（适合复杂场景） #

如果后续需要给bam输入添加更多附加参数，可以把参数拼接逻辑放在params块中，shell块只负责调用，可读性和可维护性更强，兼容所有Snakemake版本：

SAMPLES = ['1', '2', '3', '4']
rule svaba_run:
    input:
        ref="references/hg19.fa", 
        bam=expand("sample{sample}.bam", sample=SAMPLES)
    output:
        indels="test.svaba.indel.vcf",
        sv="test.svaba.sv.vcf"
    params:
        # 提前生成所有带-t标记的bam参数字符串
        bam_input = " ".join([f"-t {bam_path}" for bam_path in expand("sample{sample}.bam", sample=SAMPLES)])
    shell:
        "svaba run -g {input.ref} {params.bam_input}"

注意：原示例代码中sv="test.svaba.sv.vcf"一行缩进错误，未归到output块下，运行时会触发Snakemake语法报错，上述两种修正写法都已修复该问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者James