Ubuntu 18.04安装R4.2.0报依赖与GPG密钥错误问题咨询

三个核心问题导致R 4.2.0安装失败：

• 软件源版本不匹配：当前系统为Ubuntu 18.04（开发代号bionic），但配置的CRAN R软件源是适配Ubuntu 22.04（开发代号jammy）的jammy-cran40源，系统无法从该源拉取适配18.04的R 4.2.0安装包，触发依赖缺失报错
• 源签名验证失败：系统未存储CRAN源对应的GPG公钥，无法验证源合法性，直接禁用了该源的包索引读取
• 旧版本R残留：之前卸载R 3.6.3时未清理干净相关包和配置，干扰了新版本的依赖判定

按顺序执行以下命令即可完成安装：

1. 清理错误源配置
   首先删除错误的jammy版本CRAN源：
   sudo sed -i '/jammy-cran40/d' /etc/apt/sources.list
   移除之前添加的不匹配PPA源：
   sudo add-apt-repository --remove ppa:marutter/rrutter

2. 彻底清理旧版R残留文件

   sudo apt remove --purge r-base* r-recommended r-cran-* -y
   sudo apt autoremove -y
   sudo apt autoclean
   

3. 导入公钥、添加适配Ubuntu 18.04的官方CRAN源

   # 导入缺失的GPG公钥，解决签名验证报错
   sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9
   # 添加适配bionic版本的R4.x软件源
   sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/'
   

4. 更新缓存并安装R 4.2.0

   sudo apt update
   sudo apt install r-base r-base-dev -y
   

安装完成后，终端执行R --version，若返回版本号为4.2.x即表示安装成功，后续重新安装对应版本RStudio即可正常加载使用DESeq2包。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者tia_das