IntelliJ三方diff中完全相同的代码为何仍提示合并冲突？

• 最初提问时代码做了模糊打码，可能导致问题表述不清楚，因此专门做了无代码遮挡的清晰测试示例（为刻意构造的复现场景），演示内容可切换到HD清晰度查看完整可辨的代码。
• 录制演示的过程中基本摸清楚了问题的触发逻辑：把中间栏的base（基准）版本改成和左栏本地副本完全一致的内容后，界面上还是留着差异提示标记，标出来的差异实际上已经不存在了。
• 按正常使用逻辑，变更应用或者撤销之后，差异标记应该自动清除才符合操作直觉，但目前实际表现是，只有直接通过差异标记交互完成的修改，标记才会自动清除。

我正在用IntelliJ手动处理merge conflict（合并冲突）。
下方是问题相关截图（代码已做模糊处理），包含主界面截图和内嵌的小截图两部分：

• 主截图里左侧两栏的代码完全一致，连空白符都没有任何差别，但工具依然提示存在冲突，最右侧的第三栏只露出了边缘，完全相同的代码没有被识别为一致。
• 内嵌的小截图是单独对左侧两栏代码做双向diff的结果，可以正确识别出两栏内容没有任何差异。

这个问题是什么原因导致的？有什么可行的解决方法？

内容的提问来源于stack exchange，提问作者SSMSJM