Git无法清除工作区未跟踪变更 残留已删除/未跟踪文件

这个问题和你有没有开GUI客户端、IDE没关系，核心原因是develop分支的提交历史里被存入了一个带非法文件名字符（半角冒号:）的无效文件：

• Git索引中记录的该文件完整路径为 src/use_cases/aggregator/update_stores_status_use_case.py~other: (UseCase) Refactor naming，半角冒号是Windows NTFS、macOS APFS文件系统的保留字符，不允许出现在文件名中，只有Linux的ext4等文件系统支持这类命名
• 你切换到develop分支时，操作系统根本无法创建这个带冒号的文件，只会自动截断文件名，生成残缺的src/use_cases/aggregator/update_stores_status_use_case.py~other文件，也就是你看到的??状态未跟踪文件
• Git检测到索引里登记的长文件名文件在工作区不存在，就会一直显示D（已删除）的变更标记。你之前执行的git clean/git reset/git checkout要么只能删掉截断生成的残缺文件，要么因为无法匹配/恢复系统根本不支持创建的非法文件名文件，没法消除这个删除记录。哪怕删了仓库重克隆，只要切到develop分支拉到这个带非法文件的提交，问题就会复现。这类带~后缀的文件基本都是编辑器自动生成的临时备份，本来就不该提交进版本库。

按照下面的顺序操作，一次就能清干净，而且能彻底避免后续复现：

• 先清理工作区的残缺临时文件
  执行强制清理命令删掉系统自动生成的截断文件：

  git clean -f src/use_cases/aggregator/
  

  如果命令执行完文件还在，直接打开对应目录手动删除update_stores_status_use_case.py~other即可。
• 移除Git索引里的非法文件记录
  这一步是消除顽固D标记的核心，直接从Git索引中删除这个系统无法正常识别的无效条目即可，注意文件名要和git status里显示的D状态的文件名完全一致，用双引号包裹避免特殊字符转义问题：

  git rm --cached "src/use_cases/aggregator/update_stores_status_use_case.py~other: (UseCase) Refactor naming"
  

  如果执行时提示路径不匹配，先跑下面的命令列出索引中该目录下的所有真实登记文件，复制输出结果里的完整长文件名再执行删除：

  git ls-files src/use_cases/aggregator/
  

• 提交修正到远程，彻底解决问题
  这个非法文件是存在于远程develop分支的提交里的，只在本地删除索引的话，下次拉取代码还是会复现，直接提交修正推到远程即可：

  git commit -m "chore: remove invalid backup file with illegal filename"
  git push origin develop
  

你可以在仓库根目录的.gitignore文件里加一行规则，全局忽略这类临时备份文件，避免以后再出现误提交：

# 忽略编辑器生成的~后缀备份文件
*~

内容的提问来源于stack exchange，提问作者J. García