Python中如何提取Nipype接口返回的计算数值并存入数组

问题场景 #

使用Nipype处理fMRI影像计算tSNR指标时，ImageStats接口运行后直接打印返回的InterfaceResult对象仅显示内存地址，无法获取日志中打印的统计数值。

print(tsnr_result)
<nipype.interfaces.base.support.InterfaceResult object at 0x7fd550078be0>

正确提取方法 #

Nipype接口的所有计算结果都存储在返回结果的outputs属性中，ImageStats的统计值对应字段为out_stat，直接读取该字段即可拿到浮点类型的目标数值，无需解析运行日志：

tsnr_value_calc = ImageStats(in_file=out_file_dv, op_string="-M")
tsnr_result = tsnr_value_calc.run()
# 提取tSNR数值
tsnr_val = tsnr_result.outputs.out_stat
# 存入目标数组即可
tsnr_list.append(tsnr_val)

执行print(tsnr_val)即可得到日志中输出的113.157831。

实用技巧 #

如果不清楚当前接口有哪些输出字段，可执行以下命令打印全部输出键值对，无需手动排查对象属性：

print(tsnr_result.outputs.get())

注意：不要通过正则匹配运行日志的方式提取数值，该方法依赖日志输出格式，Nipype版本更新时日志格式变动会导致提取逻辑失效，读取outputs属性是官方推荐的标准写法。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Dr. S