Git是否支持同路径内容合并的混合子模块？无原生支持如何实现？

结论：完全不支持。
Git submodule从设计上就要求每个子模块必须绑定工作树里一个独立的专属目录，这个目录的内容完全由子模块仓库管理，父仓库只存储子模块的提交哈希，根本不追踪目录里的具体文件。你提到的多个子模块挂载同一路径（甚至根目录./）、自动合并路径下文件的逻辑，Git原生没有任何相关实现，不存在这类"mixed"子模块。

下面是实际项目中验证过可行的方案，按上手难度从低到高排序：

• Git subtree 合并（最推荐）
  这是最贴合需求、维护成本最低的方案，不需要安装任何第三方工具。你可以用git subtree把两个外部仓库的内容直接合并到当前仓库的根路径，只要两个仓库没有同路径同名文件，拉取时会自动合并目录结构——根目录会同时出现两个仓库的顶层文件，C目录下也会自动合并1.txt和2.txt，完全符合预期效果。后续要更新外部仓库的内容，直接用git subtree pull拉取对应分支即可，遇到文件冲突手动处理完提交即可。
  核心操作命令参考：

  # 把第一个外部仓库的指定分支合并到当前仓库根目录
  git subtree add --prefix=. <submodule1的仓库地址> <分支名> --squash
  # 把第二个外部仓库的指定分支合并到当前仓库根目录
  git subtree add --prefix=. <submodule2的仓库地址> <分支名> --squash
  

• 多远程分支+自定义合并脚本
  给当前仓库添加两个远程源分别对应两个子仓库，把两个子仓库的内容拉取到本地独立的临时分支，用Git自带的子树合并策略把两个临时分支的内容合并到主分支，自动合并非冲突的同路径文件。这个方案灵活度最高，你可以自定义文件过滤、冲突覆盖的规则，缺点是需要编写少量脚本适配，对Git操作的熟悉度要求稍高。
• 依赖管理工具拉取合并
  如果你不需要在父仓库里直接修改两个子仓库的代码，只是需要把它们的文件合并到对应目录，可以用项目所用语言的包管理工具（比如npm、pip、maven等），在依赖安装步骤把两个仓库的内容拉取后复制到根目录，自动合并目录结构。这种方案适合子仓库内容只做单向依赖、不需要频繁改动的场景，缺点是合并后的文件默认不会被父仓库跟踪，需要把依赖拉取步骤写入项目初始化流程。
• 常规子模块+同步脚本
  还是按标准用法把两个子模块存放到独立的临时目录（比如.sub/s1、.sub/s2），写简单的同步脚本把两个子模块目录里的文件按路径复制合并到根目录，合并完成的文件纳入父仓库跟踪，临时的子模块目录加入.gitignore即可。这个方案保留了子模块锁版本的特性，缺点是每次更新子模块版本后需要手动运行一次同步脚本，不会自动同步变更。

提醒：不管使用哪种方案，只要两个子仓库存在同路径同名文件，都需要手动定义冲突处理规则，没有方案可以自动处理所有冲突场景。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user1876484