Pop_OS!下PyCharm无法识别终端创建虚拟环境的pip安装包

• 90%以上的Pop!_OS新用户遇到该问题，都是因为从系统自带Pop!_Shop安装的PyCharm默认是Flatpak沙箱版本：沙箱默认没有全量访问用户家目录下隐藏配置文件夹的权限，而virtualenvwrapper创建的虚拟环境默认存放在~/.virtualenvs隐藏目录下，PyCharm无法正常读取该目录下的文件；同时沙箱自带独立的Python运行时，和系统终端的环境完全隔离，才会出现同一个虚拟环境名下执行python --version输出结果不一致的现象。
• 如果安装的不是Flatpak版本，问题通常来自桌面启动逻辑：Linux桌面环境从图标启动程序时，不会加载用户写在~/.bashrc/~/.zshrc里的终端专属配置，包括virtualenvwrapper设置的WORKON_HOME路径、虚拟环境激活逻辑，PyCharm自动扫描解释器时会错误匹配系统全局Python，而非虚拟环境目录下的独立解释器。
• 手动选择解释器时如果误点了虚拟环境目录外的Python可执行文件，也会出现第三方包识别失败、环境不匹配的问题。

• 替换非沙箱版本的PyCharm
  先卸载已安装的Flatpak版PyCharm，改用JetBrains Toolbox安装官方发布的原生版本，该版本无沙箱权限限制，可正常读取系统目录和用户配置，从根源解决隔离问题。
• 把virtualenvwrapper配置移到全局会话加载路径
  将原本写在~/.bashrc里的virtualenvwrapper相关配置（通常为以下三行），追加复制到~/.profile文件末尾，保证桌面图标启动的程序也能读到对应配置：

  export WORKON_HOME=$HOME/.virtualenvs
  export VIRTUALENVWRAPPER_PYTHON=/usr/bin/python3
  source /usr/local/bin/virtualenvwrapper.sh
  

  修改完成后注销当前用户重新登录，让全局配置生效。
• 手动指定虚拟环境解释器，不要依赖自动扫描
  打开PyCharm的项目解释器设置页，选择「添加解释器」-「现有环境」，手动导航到~/.virtualenvs/[你创建的虚拟环境名称]/bin/python3路径，选中对应可执行文件后保存设置。
• 对齐PyCharm终端和系统终端的Shell配置
  打开PyCharm设置-工具-终端，确认「Shell路径」和系统原生终端使用的Shell路径完全一致（Bash默认路径为/bin/bash，Zsh默认路径为/bin/zsh），取消勾选「覆盖环境变量」选项，让PyCharm终端完全继承系统Shell的配置。
• 配置完成后可通过以下命令验证：分别在系统原生终端和PyCharm终端执行两条命令，输出路径完全一致即为配置生效

  which python
  pip -V
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者datacoder