如何在data.table::fwrite中设置sep2参数实现列内值无分隔输出

调用data.table::fwrite写入数据时，需要实现list类型列的内部值之间无分隔符，使用如下示例代码时触发报错：

library("data.table")
geno <- data.table(
  IID = 1:10,
  SNP = lapply(1:10, function(i) sample(0:2, 10, replace = TRUE))
)
fwrite(geno, "Geno.txt", col.names = FALSE, sep = " ", sep2 = c("","",""))

报错信息如下：

Error in fwrite(geno, "Geno.txt", col.names = FALSE, row.names = FALSE,  : 
  is.character(sep2) && length(sep2) == 3L && nchar(sep2[2L]) ==  .... is not TRUE

期望输出格式为每行两列，第一列为IID值，第二列为SNP列所有内部值拼接成的无分隔字符串，两列之间用空格分隔，且不需要提前手动修改原始数据集折叠列值：

1 2221210202
2 0020010221
3 1010022212
4 0120121221
5 1212211202
6 2100002010
7 1110011210
8 1212012121
9 2221121021
10 1122220101

fwrite的sep2参数针对list类型列设计，固定要求为长度3的字符向量，其中第二个元素（list列内部元素的分隔符）字符长度必须≥1，传入空字符串会直接触发参数校验报错，无法通过设置sep2直接实现list列内部无分隔符的效果。

推荐使用临时列转换的方式实现，全程不会修改原始geno对象，不需要提前折叠保存列值，性能优异：

fwrite(
  # 仅在写入时临时拼接SNP列，不改动原数据
  x = geno[, .(IID, SNP = vapply(SNP, paste, collapse = "", FUN.VALUE = character(1)))],
  file = "Geno.txt",
  col.names = FALSE,
  sep = " "
)

• vapply遍历SNP列的每个list元素，直接拼接为无分隔的字符串，仅在写入的临时data.table中生效，原始geno的SNP列仍保留list格式
• 该方法无外部依赖，跨Windows、macOS、Linux系统通用，即使是十万到百万行规模的数据集，拼接和写入速度都非常快

如果不想做R层面的列转换，也可以使用特殊分隔符+写入后替换的方案，适合超大规模数据集场景：

# 选用普通文本数据几乎不可能出现的控制符\x01作为list列内部分隔符
fwrite(
  geno,
  file = "Geno.txt.tmp",
  col.names = FALSE,
  sep = " ",
  sep2 = c("", "\x01", "")
)

# 调用系统命令替换掉临时文件中的特殊分隔符，输出最终文件
if (.Platform$OS.type == "unix") {
  system("sed 's/\\x01//g' Geno.txt.tmp > Geno.txt")
} else {
  system("powershell -Command \"Get-Content Geno.txt.tmp | ForEach-Object { $_ -replace [char]1, '' } | Set-Content Geno.txt\"")
}

# 清理临时文件
unlink("Geno.txt.tmp")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Fernando Brito Lopes