ggplot2如何设置Y轴分类自上而下降序排列

ggplot2 处理离散坐标轴时，轴上类别的排序完全由对应变量的因子水平（levels）决定，和数据框本身的行顺序无关。你用arrange()只是调整了数据框的行排列，没有改变变量的因子水平，自然不会影响轴顺序。
默认情况下，字符型变量传入ggplot会被自动转换为因子，水平按字符串字典序升序排列；搭配coord_flip()翻转坐标后，因子的第一个水平会显示在Y轴最底端，最后一个水平显示在Y轴最顶端，因此会出现taxa为A的分类显示在最下方的效果。

你可以选任意一种方式实现A类在Y轴最顶端、按taxa字母顺序自上而下排列的效果：

方案1：绘图时直接反转离散轴顺序（代码最简洁） #

不需要修改原始数据结构，只需要在绘图代码中添加一行标度设置，直接反转轴顺序即可：

plot_species_zones <-
  ggplot(data = ggplot_df,
         aes(fill = country,
             x = taxa_species_ordered)) +
  geom_point(aes(y=var1),
             size = 3,
             shape = 21)+
  # 新增这一行，直接反转离散X轴（翻转后对应Y轴）的排序
  scale_x_discrete(limits = rev) +
  theme_bw() +
  guides(fill=FALSE, color=FALSE)+
  coord_flip()

show(plot_species_zones)

方案2：提前设置因子水平（适合需要自定义复杂排序的场景） #

如果你后续需要自定义调整类别的先后顺序，可以提前把taxa_species_ordered转为因子，手动指定水平顺序：

# 先按你需要的展示优先级排序数据
ggplot_df <- tb %>%
  arrange(taxa, scientific_name, country)

# 生成标签后转为因子，设置水平顺序：注意翻转坐标后Y轴从下到上对应水平从前到后，因此要把你想放在最顶端的A类标签放到水平向量的末尾
ggplot_df$taxa_species_ordered <- factor(
  paste(ggplot_df$taxa," - ",ggplot_df$scientific_name),
  levels = rev(unique(paste(ggplot_df$taxa," - ",ggplot_df$scientific_name)))
)

# 后续绘图代码和你原来的一致即可
plot_species_zones <-
  ggplot(data = ggplot_df,
         aes(fill = country,
             x = taxa_species_ordered)) +
  geom_point(aes(y=var1),
             size = 3,
             shape = 21)+
  theme_bw() +
  guides(fill=FALSE, color=FALSE)+
  coord_flip()

show(plot_species_zones)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Strobila