Amazon SageMaker Lab无sudo权限缺失libXrender.so.1问题咨询

问题触发场景 #

运行RDKit分子绘图相关代码时抛出导入错误：

from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from rdkit.Chem.Draw.rdMolDraw2D import *

ImportError: libXrender.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

环境默认移除sudo权限，无法直接执行apt-get install libxrender1完成系统级安装。

无需联系官方支持的自行修复方案 #

两种方案都在普通用户权限下可完成，操作耗时不超过5分钟：

方案1：Conda快速安装（优先推荐） #

SageMaker Lab默认预装Conda环境，Conda安装的依赖存放在用户目录，不需要系统权限：

• 打开SageMaker Lab内置终端，执行命令：

  conda install -c conda-forge libxrender -y
  

• 安装完成后重启当前Notebook的Kernel，重新运行代码即可正常导入RDKit绘图模块。

方案2：手动下载deb包配置本地依赖（Conda源访问慢时使用） #

如果Conda下载速度慢，可以直接拉取系统对应deb包解压到用户目录，手动配置共享库加载路径：

• 打开终端，执行命令下载libxrender1安装包：

  apt download libxrender1
  

• 创建本地库存放目录，解压deb包到该目录：

  mkdir -p ~/.local/lib
  dpkg -x libxrender1*.deb ~/.local/lib/
  

• 配置共享库加载路径：
  • 终端使用场景：执行以下命令将路径写入bash启动配置，后续终端启动自动加载：

    echo 'export LD_LIBRARY_PATH=~/.local/lib/usr/lib/x86_64-linux-gnu:$LD_LIBRARY_PATH' >> ~/.bashrc
    source ~/.bashrc
    

  • Notebook使用场景：在Notebook最开头添加以下代码，运行时自动加载依赖路径：

    import os
    lib_path = os.path.expanduser("~/.local/lib/usr/lib/x86_64-linux-gnu")
    os.environ["LD_LIBRARY_PATH"] = f"{lib_path}:{os.environ.get('LD_LIBRARY_PATH', '')}"
    

• 重新运行导入代码即可正常使用。

注意事项 #

• 手动解压deb包时如果后续提示还缺其他X11相关依赖，按照同样的apt download 包名+解压的方式补充即可，所有SageMaker Lab默认镜像缺失的X11相关轻量依赖总大小不超过5MB，不会占用过多存储。
• 不需要联系官方团队修改预装容器镜像，上述方案配置完成后只要不重置用户环境，后续使用会一直生效。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Bill Tatsis